Anna, jeune fille solitaire, vit en ville avec ses parents adoptifs. Un été, elle est envoyée dans un petit village au nord d’Hokkaïdo. Dans une vieille demeure inhabitée, au coeur des marais, elle va se lier d’amitié avec l’étrange Marnie…
Japon, 1936. Taki quitte sa campagne natale pour travailler comme bonne dans une petite maison bourgeoise en banlieue de Tokyo. C'est le paisible foyer de Tokiko, son mari Masaki et leur fils de 6 ans. Mais quand Ikatura, le nouveau collègue de Masaki, rentre dans leurs vies, Tokiko est irrésistiblement attirée par ce jeune homme délicat.
Sur l¹île d'Amami, les habitants vivent en harmonie avec la nature, ils pensent qu'un dieu habite chaque arbre, chaque pierre et chaque plante. Un soir d'été, Kaito, découvre le corps d¹un homme flottant dans la mer, sa jeune amie Kyoko va l'aider à percer ce mystère. Ensemble, ils apprennent à devenir adulte et découvrent les cycles de la vie, de la mort et de l'amour…