Ghost Dog vit au-dessus du monde, au milieu d'une volée d’oiseaux, dans une cabane sur le toit d’un immeuble abandonné. Guidé par les mots d'un ancien texte samouraï, Ghost Dog est un tueur professionnel qui se fond dans la nuit et se glisse dans la ville sans qu'on le remarque. Quand son code moral est trahi par le dysfonctionnement d’une famille mafieuse qui l’emploie à l’occasion, il réagit strictement selon la Voie du Samouraï.
Dans le Japon feodal, un groupe de voyageurs est bloque par la riviere en crue dans une petite auberge de campagne. Parmi eux se trouvent Ihei Misawa, un ronin, samourai sans maitre qui excelle dans l'art du combat, et sa femme Tayo, qui ne vit que pour l'amour de son mari. Apres la pluie, Ihei decide d'affronter les maitres d'armes des dojos de la ...