Afrique, 1915. Charlie Allnut transporte sur son bateau "l'African Queen" des marchandises qu'il distribue dans les villages. Il prévient le révérend Sawyer et sa soeur Rose, tous deux sujets britanniques, de l'approche des troupes allemandes...
Alors qu'elle se repose sous un arbre, Alice voit passer un lapin blanc. Curieuse, elle le suit et tombe dans un puits. Elle se retrouve dans un monde étrange où se côtoient diverses créatures, certaines amusantes, d'autres terrifiantes, comme la Reine de Coeur qui coupe la tête à tout le monde.