Mysterious skin est adapté d'un roman homonyme de Scott Heim. Habitué jusqu'à présent à réaliser des films à partir de ses propres scénarios, Gregg Araki se souvient : "Lorsque que j'ai reçu en 1995 ce roman, j'ai pensé que c'était l'histoire la plus belle, la plus poétique et la plus étrangement puissante que j'aie lue. Cependant, bien que le livre m'ait profondément ému, je ne voyais pas comment le porter à l'écran sans diluer ses composantes sombres et controversées, qui le rendent si puissant et si particulier à l'écrit."
Ce n'est que sept ans plus tard, après avoir acquis une certaine pratique de la caméra subjective sur d'autres projets, que Gregg Araki a pu trouver les moyens de traduire en images sa troublante complexité et son lyrisme éthéré.
Afin d'évoquer une enfance qui peut être commune à tous, Gregg Araki a opté pour un positionnement subjectif dans sa mise en scène. Ce dernier s'explique : "Ce qui rend le récit si puissant et si perturbant estl'immédiateté et la nature intime de la double perspective narrative, et, par conséquent, les choix de cadrage : caméra emportée, gros plans et plans subjectifs. Nous voyons à travers le regard de Brian et de Neil et nous ressentons simultanément ce qu'ils ressentent."
L'utilisation de la voix off, surtout dans le premier acte du film, vient renforcer ce positionnement et permet au spectateur de ressentir ce qui arrive à Brian et à Neil de leurs points de vue respectifs. En présentant les personnages à travers le son de leurs voix désincarnées, Mysterious skin établit d'emblée une corrélation primordiale et confidentielle avec le spectateur.
Mysterious skin réunit devant la caméra de Gregg Araki trois acteurs au talent prometteur : Brady Corbet, qui a interprété le frère de Evan Rachel Wood sous la direction de Catherine Hardwicke dans Thirteen ; Joseph Gordon-Levitt, qui s'est notamment illustré dans 10 bonnes raisons de te larguer et Halloween, 20 ans après ; et Michelle Trachtenberg, très connue du jeune public américain pour son personnage récurrent dans la série Buffy contre les vampires.
La bande originale est composée par le tandem Harold Budd, une légende de la musique d'ambiance, et Cocteau Twins, sous la direction de Robin Guthrie. Leur musique étant une grande source d'inspiration pour Gregg Araki et Scott Heim depuis de longues années, travailler avec ces deux artistes exceptionnels était pour le réalisateur et l'auteur comme un rêve devenu réalité.
Mysterious skin a été présenté à la Mostra de Venise 2004.