L'idée des Bouchers verts est venue à l'esprit d'Anders-Thomas Jensen en réaction à ce qu'il voyait à la télévision. Ce dernier explique : "Quand on voit ce que certains sont prêts à faire pour devenir célèbres, le prix exorbitant qu'ils payent pour avoir l'illusion de passer à la postérité... Si on prend un peu de recul, ça laisse rêveur ! Qu'il s'agisse de politiciens prêts à tout pour faire croire qu'ils ressemblent à ceux dont ils veulent le vote, quitte à danser, à chanter, manger ou boire n'importe quoi, ou d'étudiants perdus sur une "île paradisiaque" capables de bouffer du rat pour éliminer leurs adversaires, on ne peut qu'être fasciné. Je pense que c'est de tout cela qu'est né Svend, ce type si mal dans sa peau."
Le comédien danois Nikolaj Lie Kaas retrouve ici Anders Thomas Jensen, qui l'avait dirigé dans Lumières dansantes en 2002. L'interprète de Bjarne confie : "Nous nous connaissons bien et nous aimons travailler ensemble. J'apprécie son humour et sa façon de voir la vie. Lorsqu'il m'a parlé de son projet, j'ai tout de suite aimé et je lui ai fait confiance. Quand j'ai découvert le scénario quelque temps après, j'ai été une nouvelle fois bluffé par son travail."
Le tournage a duré huit semaines. Tous les intérieurs ont été créés en studio, et les extérieurs ont été filmés sur l'île de Fyn. Le budget total du film avoisine les trois millions de dollars, ce qui représente, selon le réalisateur, "à peine la moitié des frais d'une cantine d'une superproduction !"
Anders Thomas Jensen a vécu la première semaine de tournage comme un cauchemar. Il se souvient : "Si quelques membres de l'équipe technique nous connaissaient bien, la plupart nous découvraient. Nikolaj, Mads, Line et moi étions plongés dans l'histoire depuis des semaines, sachant exactement ce que nous allions raconter. Mais pour beaucoup des membres de l'équipe, la découverte brutale de l'univers particulier du film a été un choc ! N'ayant ni le recul ni la maîtrise du récit, ils jugeaient les scènes au premier degré et face au morbide, au terrifiant, ils tiraient une tête de trois pieds de long alors que nous étions morts de rire ! La semaine suivante, heureusement, ils avaient senti l'esprit du film et tout s'est arrangé !"