C'est à partir d'anecdotes sur la ville de Saint Petersbourg racontées par un ami étudiant russe qu'est né le projet Le Chien, le général et les oiseaux. Tonino Guerra se souvient comment il est venu à rédiger cette histoire : "Cet ami m'a raconté un tas de choses curieuses à propos de cette ville survenues pour la plupart au XVIIIe et XIXeme siècle. J'ai été particulièrement sensible à l'une d'entre elles, qui me semblait à la fois merveilleuse et fantastique. Elle avait trait à un chien qui, avec l'aide d'un général, avait entraîné la libération des oiseaux emprisonnés dans les cages."
Pour la réalisation de ce film d'animation, il a tout d'abord fallu adapter les dessins de Sergueï Barkhin. À l'origine, ce sont des illustrations qu'il a réalisées pour le livre de Tonino Guerra. Francis Nielsen se souvient : "Il s'agit de pastels très proches de l'univers de Chagall. Mais dès que l'on bouge quelque chose, cela tombe. Il fallait donc trouver un moyen de les mettre à l'écran. Il a fallu en premier lieu procéder à un gros travail d'adaptation de cet univers graphique. Je suis donc allé récupérer un de mes anciens complices, Patrick Clerc, un type très talentueux, avec lequel nous avons travaillé le décor pour arriver à garder cette impression “Chagallo Barkhinienne”, tout en restant cohérent avec la possibilité d'animer à l'intérieur."
À l'origine, le scénario de Tonino Guerra faisait une trentaine de pages. Ce dernier et Francis Nielsen l'ont développé en parallèle du storyboard. Ensuite, le réalisateur a élaboré un petit animatic (une première version du découpage) en filmant le storyboard et en y ajoutant des voix maquettes pour équilibrer, donner une petite idée du rythme.
Enfin, Francis Nielsen a vu Tonino avec ce matériel afin d'avoir une véritable base de discussion. Beaucoup de choses ont évidemment changé entre l'animatic et la version finale. Tonino Guerra a notamment suggéré de couper la bataille du début en deux.
Le scénariste Tonino Guerra, auteur de cette histoire, a travaillé avec les plus grands : Federico Fellini pour Amarcord (1973) et Et vogue le navire (1984), Francesco Rosi pour Lucky Luciano (1974) et Carmen (1984) ou encore Andrei Tarkovsky pour Nostalghia (1983).
Une fois déterminée la transposition de l'univers de Sergueï Barkhin, Francis Nielsen a adopté comme style d'animation la technique du papier découpé. Il s'est alors rendu à Moscou pour rencontrer Andreï Khrajanovski, spécialiste de cette méthode.
Francis Nielsen et son équipe ont beaucoup travaillé sur les couleurs à partir de documentations, de référencespicturales à l'iconographie russe, tout en adaptant cela à un petit côté persan. Ils ont également oeuvré sur les lignes de fuite des décors. Le réalisateur explique : "Il fallait trouver des perspectives qui sont toujours fausses mais qui gardent une certaine logique pour l'espace de jeu de ce qui doit bouger, sans que cela heurte en fonction de tel ou tel déplacement".
La musique a été composée par le fils de Tonino Guerra. Ce sont les hasards de la production qui ont proposé Andrea Guerra au réalisateur. Francis Nielsen se souvient : "Il est venu à Paris et le contact a tout de suite été excellent. Il a travaillé sur le projet global à partir du montage et d'éléments dont je pouvais lui garantir que cela ne bougerait plus. Il est vraiment souvent tombé juste en terme d'émotions et de couleurs. Je lui avais juste suggéré quelques pistes, lui parlant d'instruments que j'aimais bien."