Claude Nuridsany et Marie Pérennou sont photographes et travaillent ensemble depuis 1969. Ils sont à l'origine du film Microcosmos, le peuple de l'herbe (1996) qui a obtenu un grand succès et reçu de nombreux prix dont cinq César (meilleurs musique, son, photographie, montage et production).
Genesis n'est pas un Microcosmos 2. "Notre seule certitude était de ne pas envisager de donner une suite à Microcosmos. Nous tournions depuis quelque temps autour de l'idée d'une rêverie sur la vie qui tenterait de répondre à toutes sortes d'interrogations sur notre univers, sur notre propre existence et notre rapport à ce monde, en rejoignant un peu des questions d'enfant", déclarent les réalisateurs.
Genesis est un conte nourri de mythes et de légendes. "L'Afrique, terre des contes, berceau de l'humanité, représentée par un griot africain, s'imposait". Un griot est un poète musicien ambulant d'Afrique noire, "un sage qui raconte ce qu'il sait du monde, de l'univers et de l'homme. Un sage qui a parfois l'innocence des enfants".
A travers le récit de la création de l'univers, Claude Nuridsany et Marie Pérennou ont voulu filmer l'alliance entre le monde animal et le monde humain : "nous avons toujours eu la volonté de mettre en évidence une sorte de fraternité, ou de proximité entre le monde animal et le monde humain. Les animaux nous servent à nouveau de médiateur, mais là, il fallait aussi une présence humaine". Cette présence humaine, c'est un conteur incarné par le comédien malien Sotigui Kouyate. "Ce conteur nous fait part d'une histoire, comme lorsque nous étions enfants. Il éclaire notre place par rapport à nos ancêtres, à notre origine, aux liens que l'on a tissés avec le monde".
Pour filmer les débuts de la Terre, l'équipe du film a préféré utiliser la réalité plutôt que des images de synthèse : "Il nous semblait important de ne jamais utiliser des images de synthèses mais des éléments naturels, des tourbillons, du sable, de la fumée, des bulles de savon, car le côté imprévisible de la matière est plus étonnant, et apporte une note poétique".
Le compositeur Bruno Coulais collabore une nouvelle fois avec Claude Nuridsany et Marie Pérennou après Microcosmos pour lequel il a remporté le César de la meilleure musique en 1997. Il a signé la musique de nombreux films dont Himalaya l'enfance d'un chef, Les Rivières Pourpres, Le Peuple migrateur ou encore Les Choristes.
Une partie du film a été tournée en Aveyron, "dans un lieu spécialement aménagé". Pour le reste, le tournage s'est effectué en extérieurs et à travers le monde : "la caméra était parfois embarquée sur une pirogue, ou dans un hélicoptère avec une tête gyrostabilisée pour capter des images qui soulignent des analogies formelles entre l'infiniment petit et l'immensité des vastes fleuves, des deltas de Madagascar, ou des phénomènes volcaniques en Islande". Certaines images sont très surprenantes, comme des foetus ou encore la naissance d'un poussin vu de l'intérieur d'un oeuf, "grâce à une machine très sophistiquée permettant de réaliser des “échographies 4D“, aux conseils de chercheurs et de techniques spéciales d'éclairage".
Le film a été principalement tourné en France (Aveyron, Bretagne, Normandie), dans les îles Galapagos, en Polynésie, en Islande et au Madagascar.
D'étranges créatures apparaissent dans Genesis : "Dans l'histoire de l'univers, chaque animal que nous avons choisi, par sa dimension métaphorique, sa puissance sur l'imaginaire du spectateur, peut avoir un rôle symbolique tout en conservant son caractère réaliste". C'est le cas du périophtalme, un poisson à pattes : "Il ressemble aux espèces de poissons marcheurs qui, aux temps préhistoriques, ont commencé à développer des nageoires un peu plus structurées pour se hisser hors de lagunes qui s'asséchaient".