La Morsure du lézard est l'adaptation cinématographique de Holes, un roman de Louis Sachar publié dans près de trente pays. Ce livre a récolté 25 prix, dont la Médaille Newberry 1999 du meilleur ouvrage de fiction pour la jeunesse, le Horn Book Award du Boston Globe et le National Book Award 1998.
En réalisant ce film, Andrew Davis, le réalisateur de Piège en haute mer et Dommage collatéral, souhaitait changer de registre : " Je cherchais une histoire qui m'éloigne un peu des thrillers et films d'action que j'ai tournés ces dernières années. Mais La Morsure du lézard ne s'en écarte finalement pas tant que cela : comme Le Fugitif, c'est l'histoire d'un personnage injustement accusé qui finira par prouver son innocence".
Connu pour le rôle vedette de la série Disney Channel Even Stevens, Shia LaBeouf est pour la première fois en tête d'affiche d'un long métrage. Il est également apparu dans Charlie's angels - les anges se déchaînent (2003) et Dumb & dumberer : quand Harry rencontra Lloyd (id.).
Sigourney Weaver a aussitôt accepté le rôle de la Directrice de Green Lake après avoir été conseillée par sa fille : "Ma fille a lu " Holes " à huit ans et l'a adoré. C'est le premier livre dont elle est réellement tombée amoureuse. Elle m'a dit : " Il y a là-dedans une femme horrible : la Gardienne... et tu devrais la jouer ! "
Pour interpréter Mr. Sir, Jon Voight a dû subir une transformation physique par l'ajout d'une bedaine artificielle et de longues séances de coiffure et de maquillage.
Pour donner un maximum d'authenticité à son personnage, Patricia Arquette s'est entraînée pendant plusieurs semaines, alternant séances d'équitation, lancer de couteau et maniement d'armes à feu.
L'équipe a passé près de quatre semaines dans le désert, sur le Lac séché de Cuddeback et dans Red Rock Canyon, aux abords immédiats de la Vallée de la Mort, avant de regagner San Fernando Valley, au nord de Los Angeles. Les autres extérieurs ont été tournés au milieu des hautes formations rocheuses de Vasquez Rocks et près du Lac Casitas.
Cuddeback fut une épreuve quotidienne pour l'ensemble de l'équipe, confrontée à des températures de 45° C, des vents violents et des tempêtes de sable aveuglantes. La pénibilité fut encore accrue par les passages de jets de combat, stationnés sur les trois bases militaires voisines, qui venaient régulièrement s'entraîner au-dessus de l'ancien lac.
Pour préparer les jeunes aux exigences physiques de leurs rôles, le chef cascadeur Alex Daniels organisa un stage intensif de deux semaines comprenant randonnées, exercices de musculation et maniement de la pelle.
L'équipe de tournage a creusé des centaines de trous dans le vaste lit sableux de l'ancien Lac Vert. Après une étude d'impact et une prospection archéologique, une carte précise du lac fut dressée par GPS. Suivirent quatre semaines de forage à la main et à la pelleteuse, chaque trou étant repéré et numéroté en fonction des besoins du tournage et des axes de prises de vues. A la fin du tournage, le chef décorateur Maher Ahmad et son équipe sont revenus sur place pendant deux semaines afin de rendre au site sa physionomie originelle.