Hayao Miyazaki avour penser d'abord aux enfants pour réaliser ses films : "J'ai écrit Le Voyage de Chihiro quand je me suis aperçu qu'il n'y avait rien au Japon qui s'adresse aux petites filles de dix ans. Mais je l'ai réalisé aussi un peu pour moi-même. Quand on réalise des films pour les enfants, il est nécessaire de leur indiquer le sens et les valeurs de la vie. Je crois à la force des contes : ils ont un rôle important dans la formation de l'être."
Si les personnages féminins des films de Hayao Miyazaki sont souvent des personnages forts, de nombreuses spectatrices lui ont reproché de ne pas représenter fidèlement la condition actuelle de la femme : le personnage de Kiki est venue de ces réactions. Le réalisateur précise en effet : "Suite à des lettres que j'ai reçues de la part des femmes qui me reprochaient de ne pas décrire leur condition avec lucidité, de créer une image idéale de la femme vue par le regard de l'homme, j'ai décidé de changer de type d'héroïne. Et Kiki est apparue. (...) Dans la ville où elle s'installe, elle va rencontrer un grand nombre de problèmes propres aux femmes d'aujourd'hui, indépendantes financièrement, mais non moralement. "
Le film de Hayao Miyazaki est inspiré d'un court roman de Eiko Kadono, intitulé Majô no Takkyûbin (La messagerie de l'ensorceleuse). On y retrouve les bases du film : le voyage initiatique de Kiki à 13 ans, son travail à la boulangerie. Eiko Kadono a écrit une suite quelques années plus tard, dans laquelle Kiki continue son travail de livreuse, La messagerie de l'ensorceleuse 2 : Kiki et ses nouveaux tours.
Hayao Miyazaki s'est inspiré de paysages étrangers à son Japon natal pour les décors de son film. Ainsi, les paysages de Kiki, la petite sorcière sont inspirés de l'Italie, et les enseignes des boutiques sont d'inspiration autrichienne. La ville de Koriko est inspirée de Lisbonne, Paris, San Francisco, et Milan.
Joe Hisaishi a composé la musique de Kiki, la petite sorcière : il a signé la musique de tous les films de Hayao Miyazaki depuis Nausicaä de la vallée du vent, en 1984. Une complicité nécessaire pour accompagner au mieux ces images : "Les oeuvres de Miyazaki sont complexes, précise le compositeur. Un même personnage peut y incarner à la fois le bien et le mal, la méchanceté et la tendresse. Il y a tout le temps ce type d'antinomie."
Kiki la petite sorcière est le quatrième film de Hayao Miyazaki, en tant que réalisateur. Grâce à ses 2,6 millions de spectateurs au Japon, à la sortie du film en 1989, le film a pu assurer l'auto-financement du tout jeune studio Ghibli, et a permis de développer de nouveaux projets.