Lucy Liu a réalisé elle-même ses cascades. Elle a d'ailleurs pour cela subi un entraînement spécial qui lui a permis d'assurer les séquences les plus dangereuses, dont notamment un sauvetage spectaculaire en hélicoptère.
Jeremy Northam a tout de suite été le premier choix de Vincenzo Natali pour incarner Morgan Sullivan. Concernant le personnage de Rita, le metteur en scène recherchait une actrice à la fois séduisante et physique. Après quelques auditions, son choix s'est rapidement porté sur la comédienne Lucy Liu.
Cypher fut l'occasion pour Vincenzo Natali de retrouver la chef décoratrice de Cube, Jasna Stefanovic, qui avait créé l'original (et unique !) décor du premier long métrage du cinéaste canadien.
Dès le début de l'aventure Cypher, Vincenzo Natali, le directeur de la photographie Derek Rogers et la chef décoratrice Jasna Stefanovic ont choisi d'adopter un style sans véritable repère chronologique. Pour créer l'atmosphère visuelle du film, l'équipe s'est notamment inspirée de classiques tels que 2001 : l'odyssée de l'espace ou Alphaville.
Le tournage de Cypher a pris place à Toronto et a duré 37 jours : 30 dans des lieux redécorés et seulement 7 en studio.
Le scénario alambiqué de Cypher a émergé dans l'esprit de Brian King après que celui-ci a remarqué un détail de son quotidien : "En voyageant à travers les Etats-Unis, je me suis rendu compte que dans chaque ville, on trouve les mêmes centres de congrès, les mêmes pôles commerciaux, avec les mêmes magasins des mêmes enseignes. En prenant conscience de cela, je me suis dit que tous les gens qui vivent dans ce genre d'endroit, les commerciaux qui vont de salon en salon, doivent parfois se demander où ils sont. Ces lieux se ressemblent tellement qu'il est facile d'y perdre ses repères. J'ai imaginé l'histoire d'un homme dans cet univers déshumanisé, où l'individu n'est finalement là que pour servir une machine commerciale désincarnée".
Vincenzo Natali raconte avoir puisé son inspiration pour la mise en scène de Cypher dans de nombreux films noirs dont notamment ceux d'Alfred Hitchcock, plus particulièrement La Mort aux trousses.
Le montage de Cypher a bénéficié d'un traitement original : en effet, le monteur Bert Kish a assemblé les morceaux de pellicule déjà photographiés parallèlement au tournage du film, si bien que Vincenzo Natali n'a pu visualiser que seulement quelques jours après la fin des prises de vues une première mouture du film.
Alors qu'on l'attendait dans de nombreux autres projets après Cube (son nom a circulé pour la réalisation d'un éventuel cinquième volet de la saga Alien), Vincenzo Natali s'est de suite impliqué dans l'aventure Cypher dès qu'il a consulté le scénario de Brian King : "J'ai rencontré Brian, nous nous sommes revus souvent jusqu'à devenir amis. Le film s'est construit entre son histoire et ma vision".
Cypher fut présenté en avant-première au 10e Festival "Fantastic'Arts" de Géradmer en 2003. Vincenzo Natali est un habitué de la station vosgienne, puisque celui était cette année-là membre du jury après avoir remporté en 1999 le Grand Prix du festival grâce à son Cube.