Le réalisateur César Díaz est né en 1978, en pleine guerre civile au Guatemala. Sa mère, engagée dans la lutte contre la dictature, a dû s’exiler au Mexique quand il avait trois ans. Díaz est resté au Guatemala avec sa grand-mère : "C’est pourquoi je n’ai jamais été le fils de ma mère. J’ai été le fils de ma grand-mère. Ma mère, je la voyais comme une amie, une sœur. Je n’ai jamais douté de son amour pour moi, mais j’avais besoin de sa présence, et ça, elle n’a pas pu me l’offrir."
Il a fini par rejoindre sa mère au Mexique à l'âge de onze ans mais leurs retrouvailles n'ont pas été faciles : "le temps et la distance avaient creusé un immense fossé entre nous. Pour elle, la lutte armée et ses idéaux passaient avant tout, même avant ses devoirs de mère."
Au sujet de Mexico 86, César Díaz déclare : "Avec ce film, je veux confronter l’engagement politique et la lutte armée, tels que les a vécus ma mère (et tant d’autres), à une réalité simple : être mère. Il y a une contradiction profonde entre les deux. Même si ces militants consacraient leur vie à bâtir un monde meilleur pour leurs enfants, ils n’avaient plus de place pour remplir leur rôle de parents."
Lorsqu'il demanda un jour à sa mère si elle referait les mêmes choix, celle-ci n'a pas hésité à lui répondre par l'affirmative. "Peut-être faut-il des personnes comme elle et ses camarades pour changer le monde. Mais à quel prix ? Et surtout : sommes-nous prêts, aujourd’hui, à payer un prix aussi élevé pour transformer nos sociétés ?"
Le film se déroule en 1986, année de la Coupe du monde au Mexique, car elle fait partie des souvenirs d'enfance du réalisateur. Il s'agit aussi d'une année charnière pour le Guatemala : les autorités avaient proclamé une loi d’amnistie permettant aux résistants de se rendre sans être inquiétés, à condition de collaborer avec le gouvernement. Beaucoup, épuisés par des années de lutte, sont rentrés au pays. Il s'agissait en réalité d'une manœuvre du régime pour mieux écraser la résistance.
Si César Díaz a puisé dans son histoire personnelle pour Mexico 86, il se défend de faire de l'autofiction : "je ne trouve pas le principe de l’autofiction très intéressant. D’une part cela implique une volonté de rester fidèle aux événements, de peur de trahir sa propre histoire, et, d’autre part, franchement… Pourquoi les gens s’intéresseraient à ma vie en tant que telle ? Moi, ce dont j’ai envie, c’est de partager les questions que je me pose avec le public." Les éléments biographiques du film ne sont pour lui que des outils qui nourrissent le scénario. Il tenait à maintenir une distance avec le film, qui n'est pas une thérapie : "La thérapie, je l’ai faite avant. Pour pouvoir grandir, guérir… et construire. Impossible de faire un film, sinon."
César Díaz a été marqué par la performance de Bérénice Bejo dans Le Passé d’Asghar Farhadi, mais aussi et surtout dans La Quietud de Pablo Trapero. C'est là que le réalisateur a envisagé de collaborer avec elle : "Elle est franco-argentine, elle parle espagnol, elle sait ce qu’est l’exil, pourquoi ne pas lui envoyer le scénario ? Puis l’on a convenu d’un rendez-vous à Paris, et l’on a passé 3 heures ensemble à discuter de nos familles, et des choses dont on n’a pas le droit de parler avec elles ! Ensuite, on a commencé très vite à travailler ensemble et cela a été très fluide."