C'est en passant devant un lieu de culte religieux un jour de pluie que Naoko Ogigami a eu l'idée du Jardin Zen : "Je me suis alors retrouvée devant des milliers de parapluies, et autant de personnes qui étaient là, adhérant à cette nouvelle religion. Tant de gens sont anxieux de vivre sans croire en quelque chose. Je suis restée immobile devant ce spectacle". Cet événement l'a poussée à s'interroger sur les raisons pour lesquelles on rejoint une église. Elle admet que Yoriko, son personnage principal, reste un mystère pour elle.
Alors qu'elle avait achevé le scénario du film, la réalisatrice a été confrontée à des difficultés de financements en raison d'une affaire autour de l'Église de l'Unification. Cette secte fondée en Corée du Sud a assassiné en 2022 l'ancien Premier ministre japonais Shinzo Abe. "L'image de la protagoniste résonne tristement avec celle de la mère du coupable, qui était membre de cette organisation et qui lui avait versé d’importantes sommes d'argent", précise Naoko Ogigami. Malgré cela, Le Jardin Zen ne fait référence à aucune religion en particulier.
Le Jardin Zen est le premier film de Naoko Ogigami à être distribué en France. Elle raconte : "Jusqu'à présent, on disait de mes films qu’ils étaient relaxants, réconfortants, mais je suis toujours à la recherche de quelque chose de nouveau. Chaque fois que je fais un film, je suis guidée par une envie particulière, et cette fois-ci, j'ai voulu mettre en avant mon côté féroce. En tant que femme, je me sens étouffée au Japon et réaliser Le Jardin Zen était un moyen pour moi d’y remédier, avec beaucoup d’humour noir."
Le Jardin Zen aborde des questions sociétales, dont la place des femmes au Japon. Une démarche qui n'était pas intentionnelle pour la réalisatrice, mais qui lui est apparue naturellement : "Comme le montre le rapport sur l’égalité des sexes, le Japon reste une société dominée par les hommes (118ème sur 146 pays en 2024 d’après le rapport du Forum économique mondial du 12 juin 2024). En vivant dans ce pays, on supporte inconsciemment des choses simplement parce que l’on est une fem me. De nombreuses familles perpétuent encore cette tradition patriarcale selon laquelle les maris partent travailler et les femmes prennent soin du foyer".
Pour la maison de Yoriko, la production en a loué une et y a tout filmé, y compris le jardin et les scènes d’intérieur. La réalisatrice souligne : "Il faut beaucoup de travail pour créer un jardin sec, un kare-sansui, donc pour rendre le projet faisable ce devait être un petit jardin". C'est le chef décorateur Norifumi Ataka qui l'a construit.