Le Secret des Perlims est né de notes, d'esquisses et de dialogues que le réalisateur Alê Abreu a rassemblé au cours de 2-3 ans. Ces idées lui viennent généralement pendant qu'il se consacre à un autre projet. Lorsqu'il a vraiment commencé à travailler sur ce film, il a étalé ses notes sur le sol et les a regardées pendant des heures. "C'est en agençant et organisant ces divers éléments que me sont venues la trame et l'identité graphique du Secret des Perlims".
À l'origine le film devait s'appeler Les Voyageurs de la forêt enchantée, mais l'équipe a décidé de changer de nom pour Perlimps (le titre VO), sur la suggestion du producteur Luiz Bolognesi. Cela renvoie à "pirilampos" ("lucioles" en portugais), afin de désigner les créatures que recherchent les héros du film.
La technique principale utilisée sur Le Secret des Perlims a été le dessin à l'encre. Pour l'animation, il s'agit de 2D animée en 3s (c'est-à-dire le même dessin pendant trois plans) et, selon les scènes, en 2s (deux plans). La 3D a aussi été utilisée pour certains objets.