L'idée de départ de Steven Spielberg était que l'on découvre le personnage de Sam Neill en vie sur l'île du premier épisode. Après qu'on l'ait interdit de poursuivre ses recherches, il y serait retourner en cachette et aurait vécu dans un arbre tel un Robinson Cruzoé. Mais ce projet fut finalement ambandonné.
Par rapport aux autres opus de la série, deux nouvelles espèces apparaissent dans ce film. Il s'agit du Ptéranodon (un reptile volant) et du Spinosaure. En tout, douze espèces différentes sont présentes à l'écran.