Sous la Surface suit deux scientifiques, les Docteurs Ellen Garland et Michelle Fournet, dans leurs études des chants des baleines à bosse comme moyen de communication. Tandis que leurs périples les mènent à deux endroits diamétralement opposés de la planète, leurs recherches partagent la même volonté de mieux comprendre les baleines, leur univers et la manière dont elles communiquent.