Costa-Gavras avait d'abord pensé engager des acteurs américains pour Amen. Il a finalement choisi les Allemands Ulrich Tukur et Ulrich Mühe pour interpréter Kurt Gerstein et le Docteur. Alors que la production est entièrement française, seuls deux comédiens principaux le sont : Mathieu Kassovitz et Michel Duchaussoy. Enfin, le tournage s'étant déroulé à Bucarest, beaucoup de seconds rôles sont tenus par des Roumains comme celui du Comte Fontana interprété par Ion Caramitru. Mais la langue de tournage a été l'anglais.
Avec Amen., c'est la deuxième fois que Costa-Gavras a l'occasion de travailler avec le dramaturge et scénariste Jean-Claude Grumberg. Celui-ci avait en effet signé les dialogues de La Petite Apocalypse en 1993. Pour Amen. il a collaboré directement à l'écriture du scénario.
C'est le très médiatique photographe italien Olivieiro Toscani, responsble entre autres des campagnes-choc pour Benetton, qui a trouvé le titre Amen. grâce à une scène où Mathieu Kassovitz prononce ce mot. Il a également réalisé l'affiche : une croix catholique rouge déformée en croix gammée sur fond noir avec des crédits blancs. Trois couleurs communes aux Nazis et au Vatican.
Amen. est librement inspiré de la pièce Le Vicaire de Rolf Hochhuth. Créée à Berlin dans une mise en scène de Erwin Piscator en 1963, cette oeuvre avait provoqué un scandale en Allemagne et en Italie. Même en France, certains critiques s'offusquèrent des accusations portées contre le Vatican. Jean Vigneron écrivit ainsi dans La Croix : "Je pense que les chrétiens disposent contre le Vicaire d'une seule arme, mais très efficace : l'abstention."
Le personnage principal, Kurt Gerstein, interprété par Ulrich Tukur a réellement existé. Ingénieur et médecin évangéliste, il s'oppose aux Nazis dès 1933 bien qu'il ait adhéré au Parti National Socialiste pour des raisons professionnelles. Arrêté deux fois et interné dans un camp de concentration en 1938, il décide de rejoindre les rangs des SS en mars 1941. Grâce à ses compétences techniques et scientifiques, il occupe un poste à l'institut d'hygiène de la Waffen SS et combat efficacement le typhus. Il est nommé Obersturmführer et assiste aux essais du Zyklon B sur les Juifs. Il ne cesse dès lors d'alerter les représentants des Eglises chrétiennes et des Alliés sur le génocide et tente de rencontrer le nonce du Pape. A la fin de la guerre, il est fait prisonnier par des Français à Rottweil où il rédige son Rapport Gerstein. Transféré à Paris, il est accusé de crimes contre l'Humanité. Il est retrouvé pendu dans sa cellule en juillet 1945. Le doute plane toujours sur son suicide. Son corps fut inhumé à Thiais puis jeté à l'ossuaire. Il a été réhabilité en 1965.
Le réalisateur Costa-Gavras a déjà abordé le thème de la Seconde guerre mondiale et des Nazis dans plusieurs de ses films. Section spéciale évoquait la création d'une Cour spéciale par le gouvernement de Vichy pour juger les résistants. Music Box racontait l'histoire d'une Américaine qui découvre que son père est un ancien Nazi. Enfin, dans Un homme de trop, Costa-Gavras suivait un groupe de maquisards chargés de libérer des condamnés à mort des mains des Allemands.