Pierre Jolivet avait envie d'écrire un film pour deux femmes et surtout pour Sandrine Kiberlain. Le réalisateur de Filles uniques voulait en effet sortir d'un univers uniquement masculin qu'il avait largement exploré avec Ma petite entreprise et Le Frère du guerrier.
"On a écrit Filles uniques parallèlement au Frère du guerrier. On travaillait sur Le Frère du guerrier par tranches de quatre ou cinq mois, puis on laissait reposer. Et autant Le Frère du guerrier nous taraudait par le rapport constant aux références historiques et la rigueur d'écriture qu'impose le film d'époque, autant, ici, on avait envie d'un film libre". (Pierre Jolivet)
Le scénariste de Filles uniques, Simon Michaël, travaillait autrefois pour les forces de l'ordre. Ce qui explique son thème de prédilection pour les histoires policières. Il est en effet le scénariste de la série des Ripoux (Les Ripoux, Ripoux contre ripoux et Super ripoux), et des films tels que Profil bas ou encore La Totale.
Pour Filles uniques, Pierre Jolivet a fait appel aux comédiens Vincent Lindon, François Berléand et Roschdy Zem. Ce trio d'acteurs avaient déjà tourné dans deux autres films du réalisteur, Fred et Ma petite entreprise.
Filles uniques est la troisième collaboration entre Pierre Jolivet et Simon Michaël après Ma petite entreprise et le Le Frère du guerrier.