Le réalisateur Steve Beck a souhaité donner une personnalité propre à chacun des fantômes du film. Sa volonté était, selon Howard Berger, le créateur des maquillages spéciaux, que ceux-ci "aient une présence physique solide qui augmenterait encore l'anxiété des spectateurs. Pour chacun d'eux, Steve a mis au point une histoire détaillée, un passé. Il nous a donné des dessins, des concepts à partir desquels travailler. Nous avons réalisé des sculptures et des bustes en 3D pour définir leur style final."
Le décor de 13 fantômes a demandé énormément de travail aux équipes techniques. Trois mois ont été nécessaires pour créer cette installation de verre qui devait à la fois être éclairée à travers le plafond et le sol. 5 tonnes d'acier, 5 kilomètres de murs de verre gravés, 800 mètres carré de verre et un puissant générateur électrique capable d'alimenter l'éléctricité d'une petite ville : tel était l'imposant dispositif mis en place pour le film.
13 fantômes est le remake déclaré du 13 fantômes réalisé par William Castle en 1960. A l'époque, ce cinéaste maître de l'horreur avait créé une petite révolution puisque les spectateurs de son film, en se dotant de lunettes spéciales, pouvaient voir à l'écran des fantômes invisibles à l'oeil nu.
Le design particulier de la maison hantée, entièrement en verre, est une idée du producteur Joel Silver. Avec Gilbert Adler, un autre des producteurs, ils se sont inspirés de l'architecture du New York Science Museum. "On n'a jamais vu une maison hantée aussi claire, aux lignes aussi nettes et dépouillées", précise Adler et ajoute qu'"ici, pas de chauves-souris, rien de gothique ou d'élizabéthain. C'est une vision complètement différente et plutôt glaçante. Peu d'ombre, aucun repli possible."
Le parterre de l'impressionnante demeure de 13 fantômes est bien particulier. Celui-ci représente en effet le Zodiaque noir, l'inversion démoniaque du zodiaque traditionnel, et dont les 12 symboles correspondent... aux fantômes du film.
Deux des producteurs de 13 fantômes ne sont pas des inconnus. Il s'agit en effet de Joel Silver et Robert Zemeckis. En 1999, ceux-ci avaient déjà fait équipe en produisant La Maison de l'horreur, un remake de La Nuit de tous les mysteres.