Le tournage de L' Empereur et l'assassin a duré sept mois, d'août 1997 à février 1998. Il rencontra de nombreuses difficultés du fait de l'ampleur du projet, de la multiplication des décors ainsi que des conditions climatiques.
Avec L' Empereur et l'assassin, Chen Kaige évoque l'histoire de Ying Zheng, roi de Qin et premier empereur de Chine. A l'inverse, Bernardo Bertolucci avait raconté celle de Pu Yi, le dernier empereur, dans le film homonyme en 1987.
Les décors de L' Empereur et l'assassin ont été reconstitués en Chine. Six mois de travaux ont été nécessaires pour reconstruire intégralement le palais de Qin dans la ville de Dongyang (province de Zheijiang), particulièrement important puisqu'une bonne partie du film y a été tournée. Aujourd'hui, le décor, resté en place, attire de nombreux touristes...
Le directeur de la photographie, Zhao Fei, est notamment connu pour sa collaboration régulière avec Woody Allen : il a travaillé sur Accords et desaccords (1999), Escrocs mais pas trop (2000) et Le Sortilège du scorpion de Jade (2001).