Les Enfants de la mer est une adaptation da la série manga éponyme de Daisuke Igarashi. Composée de cinq tomes, elle a été primée deux fois au Japon. Igarashi y décrit les interactions spirituelles et mystiques entre différentes formes de vie et leur connexion à l’échelle de l’univers.
Pour Les Enfants de la mer, Ayumu Watanabe s'est entouré de grands noms de l'animation japonaise. Le directeur de l'animation Kenichi Konishi a notamment travaillé sur des films comme Mes voisins les Yamada, Le Conte de la princesse Kaguya, Millenium Actress ou Tokyo Godfathers après avoir été formé au studio Ghibli. Quant à Eiko Tanaka, elle a produit Kiki la petite sorcière et Mon voisin Totoro puis a fondé son propre studio, Studio 4°C, à l'origine de Mind Game et Amer Béton.
La musique du film est signée Joe Hisaishi, compositeur attitré du studio Ghibli pour lequel il a notamment signé les bandes originales de Nausicaä de la vallée du vent, Le Château dans le ciel, Mon Voisin Totoro, Kiki la petite sorcière, Le voyage de Chihiro ou encore Le conte de la princesse Kaguya.