Koko-di Koko-da a mis plus de 10 ans à voir le jour. Johannes Nyholm en a commencé l'écriture avant de réaliser son premier film, The Giant. Le tournage a commencé en 2011 avec une équipe restreinte : "Je voulais financer Koko-Di Koko-Da moi-même via ma boîte de production mais il m'a été difficile de convaincre des partenaires financiers et je ne pouvais pas assumer seul de produire une fiction. Donc il m'a fallu faire preuve d'imagination pour pouvoir mettre le projet sur pied".
Le réalisateur s'est inspiré des relations amoureuses qu'il a observées autour de lui ou qu'il a vécues mais aussi d'un rêve qu'il a fait. Il était alors, à l'instar des personnages, dans une tente en train de faire du camping. Il a commencé à écrire le scénario au milieu de la nuit.
Si Koko-di Koko-da est un film d'horreur, il compte des éléments atypiques de slapstick et de drame sentimental. Le réalisateur ne souhaitait pas se limiter au film de genre car il le trouve très codifié et donc prévisible. Il a ainsi exploré les relations personnelles sous toutes les coutures : "Je voulais montrer la communication passive-agressive et comment deux personnes poussent dans des directions opposées et ne vont nulle part".
Si le film se situe dans les bois, les personnages sont pourtant prisonniers et ne peuvent aller nulle part. Le réalisateur a conçu le décor comme un théâtre grec antique : "Toute la mise en scène se veut claustrophobe, à l'image de cette relation amoureuse. La tente elle-même, où l'oxygène se fait rare, est comme une prison. Il n'y a plus d'espace pour respirer".
L'équipe tournait vers 3-4h du matin mais il ne restait pas assez de temps avant le lever du soleil. Il pleuvait souvent, ce qui raccourcissait encore plus le tournage. Il a alors été décidé de tourner de jour et de modifier les séquences en postproduction.
En plus des conditions météorologiques, les acteurs devaient sans cesse répéter les mêmes dialogues, ce qui leur donnait l'impression de ne pas progresser.