Will Gluck reprend du service en tant que producteur, coscénariste et réalisateur sur cette suite de Pierre Lapin : « J’adore toujours autant les personnages. Pierre accumule les bévues, mais il persévère. Il se croit plus malin. C’est amusant, un personnage qui va de l’avant sans se soucier des conséquences de ses actes et de ses choix. Mais au final, il en tire des leçons. L’univers de Beatrix Potter est d’une grande richesse, avec tout un tas d’histoires à explorer. » Pour le producteur Zareh Nalbandian, « le film se devait d’être plus audacieux et plus ambitieux que le premier. On voulait entraîner nos héros dans de nouvelles aventures, et donner vie à d’autres personnages tirés de l’univers de Beatrix Potter. On voulait aussi sortir du pré carré de chez McGregor. »
La production a travaillé en étroite collaboration avec les éditeurs Penguin et Frederick Warne & Co Limited qui publient les ouvrages de Beatrix Potter depuis plus de 100 ans, pour élargir son univers au cinéma. « On était très satisfaits de l’adaptation et de l’actualisation qu’on avait faites du conte original de Beatrix Potter dans le premier film », déclare la productrice Jodi Hildebrand. « En travaillant avec les conservateurs de son œuvre, on tenait à s’assurer qu’on respectait la nature de son travail, qui lui a valu un succès si durable. »
A l’instar de Pierre Lapin, cette suite a été tournée en très grande partie en Australie. Pour trouver les décors naturels qui allaient servir de doublure à la ville de Gloucester, l’équipe des repérages a commencé par explorer Sydney et ses alentours, comme The Rocks, son centre historique, et d’autres quartiers offrant une architecture d’influence britannique. Pour le marché fermier, dans lequel se déroule la séquence de braquage, l’hôpital de Cumberland, dans le quartier de Parramatta à Sydney, construit au début du 19e siècle, a servi de décor. Quant au bureau de Nigel Basil Jones, il s'agit d'un immeuble avec une élégante façade datant du début du 18e siècle, situé à Richmond, au sud-ouest de Londres.
Cette séquence, qui demanda 2 semaines de travail, fut la plus difficile à tourner. Les membres de l’équipe du chef décorateur Roger Ford ont conçu 50 stands, qu’ils ont construits, décorés, photographiés puis empaquetés un par un dans leur atelier, pour les transporter plus tard au lieu indiqué. Le producteur Zareh Nalbandian explique : « C’est une scène cruciale. Elle demandait une longue élaboration, étape par étape, avec des décors amovibles. Une fois terminée, j’ai eu l’impression de contempler une incroyable pièce montée, après en avoir vu tous les ingrédients distincts posés sur un banc pendant deux ans. »
L’animation et les effets visuels ont été confiés à Animal Logic, société qui avait déjà collaboré au précédent long-métrage. Le fait de travailler sur une suite a simplifié les choses pour les techniciens, autant que pour les acteurs. Ceux-ci répétaient avec des animaux en peluche verts dans les mains pour pouvoir appréhender le poids et la façon de les tenir, et développer une mémoire physique. Ces peluches étaient retirées lors du tournage pour avoir une séquence propre et pouvoir y intégrer ensuite les personnages en images de synthèse. Rose Byrne et Domhnall Gleeson s’étaient familiarisés avec cette technique sur le tournage du premier film. En revanche, David Oyelowo, nouveau venu dans l’univers, a dû prendre ses marques : « Rose et Domhnall assuraient grave. Moi, j’étais le bleu qui disait « Bon, il est où, le lapin ? » Heureusement, il y avait une formidable équipe derrière moi pour m’épargner la prison pour les acteurs. »