L'idée de départ d'Hérédité provient d'une série de terribles épreuves subies par la famille du réalisateur pendant trois ans, au point qu'il s'est demandé s'ils n'étaient pas maudits. Ari Aster souhaitait se nourrir de cette expérience mais sans aborder frontalement la souffrance endurée par ses proches et lui-même. C'est ainsi qu'il a choisi de raconter cette histoire par le biais du film de genre : "j'ai imaginé une famille littéralement victime d'une malédiction, ce qui m'a permis de sublimer les émotions traversées par mes proches dans un film d'horreur. Autant dire que le genre possède une grande force cathartique. Et quand on veut réaliser un film rappelant à quel point la vie est injuste, l'horreur s'y prête à merveille. C'est une forme d'espace perverti où les injustices de l'existence sont mises en exergue et deviennent même jubilatoires."
Hérédité est nourri de classiques des années 60 et 70 comme Rosemary's Baby, Ne vous retournez pas et Les Innocents, des films "élégants et axés sur la psychologie des personnages qui savaient prendre leur temps" selon Ari Aster. Plus surprenant, le réalisateur s'est également inspiré de drames familiaux comme Des gens comme les autres, The Ice Storm et In The Bedroom.
Un mélange des genres que l'on retrouvait déjà dans ses courts-métrages remarqués en festival, dont Munchausen et The Strange Thing about the Johnsons, qui évoquent des rituels familiaux sacrés devenus toxiques.
Pour la direction d'acteurs, Aster évoque le nom de Mike Leigh pour ses "personnages et rapports humains organiques. Il n'y a qu'avec Mike Leigh qu'on a le sentiment de comprendre aussi bien le parcours de personnages. J'ai projeté All or Nothing à toute l'équipe pour qu'elle saisisse l'esprit de ce que je souhaitais faire".
Hérédité aborde à travers son récit le thème de l'héritage et le fait qu'on est prisonnier de sa situation familiale : "Il n'y a rien de plus insupportable à mes yeux que d'être totalement impuissant" explique le réalisateur. "Le fait que les Graham n'aient aucun pouvoir est un élément essentiel du film et, au bout du compte, on ressort de la projection avec un sentiment de désespoir et de futilité".
Hérédité a été mûri pendant plusieurs années avant que ne démarre le tournage au printemps 2017. Par conséquent, Ari Aster a eu le temps d'élaborer des trajectoires biographiques à chacun de ses personnages en amont de l'écriture du scénario. Il a également indiqué ses intentions de mise en scène dans un document de 75 pages bien avant le bouclage du financement ou les repérages. Le réalisateur a contacté de potentiels collaborateurs plusieurs années avant d'obtenir le feu vert de la production, dont le compositeur Colin Stetson, le superviseur des miniatures et prothèses Steve Newburn et la chef-décoratrice Grace Yun.
L'équipe du film s'est aperçue qu'il coûterait moins cher de contruire les décors de la maison des Graham que de s'installer dans une véritable demeure. Ainsi, tout l'intérieur a été érigé aux Park City Studios, des pièces principales et des couloirs de la propriété jusqu'à la cabane dans l'arbre de Charlie. Cela a permis au réalisateur d'avoir suffisamment d'espace pour accueillir une Dolly (support de caméra sur roues ou rails) : "On voulait pouvoir contrôler totalement notre dispositif de prises de vue, plutôt que d'être limité par les contraintes inhérentes à des décors naturels. Dans beaucoup de scènes, les pièces sont censées avoir l'allure de maquettes, et inversement, et on ne pouvait obtenir un tel résultat qu'en disposant de murs et de plafonds amovibles".
La bande-annonce d'Hérédité a été diffusée par erreur avant une projection du film familial Pierre Lapin en Australie, causant l'effroi chez les enfants et la panique chez les parents.