José Luis Guerín est aussi à l'aise dans la fiction (il a été sélectionné à la Mostra de Venise pour Dans la ville de Sylvia) que dans le documentaire (il a reçu le Goya du Meilleur Documentaire pour En construccion). L'Académie des Muses marque le retour du réalisateur après cinq ans d'absence, et joue avec les deux genres : le film est une fiction qui met en scène des acteurs non-professionnels (professeur, étudiants) dans leur propre rôle.
L'Académie des muses est à l'origine l'idée d'une des étudiantes présentes dans le film, Emmanuela Forgetta, qu'elle a présentée à son professeur alors que José Luis Guerín assistait à ce cours après y avoir été invité. "Évidemment cette idée n’aurait pas surgi si je ne m’étais pas trouvé là avec un dispositif léger pour filmer", explique-t-il. "Sans aucune intention prédéterminée autre que celle d’accepter le jeu proposé par cette communauté littéraire, j’ai peu à peu remarqué que la pulsion vers la fiction animait la salle de classe et j’ai invité les étudiants à la mener jusqu’aux ultimes conséquences…"
José Luis Guerín a travaillé L'Académie des muses avec un scénario très ouvert, préférant parler de mise en situation des acteurs plutôt que de mise en scène.
José Luis Guerín a tourné L'Académie des muses en solitaire, sans directeur de la photographie, directeur artistique ou assistant réalisateur, mais simplement assisté de sa preneuse de son Amanda Villavieja. Ces choix ont guidé la mise en scène de Guerín, qui pour garder un certain contrôle a resserré ses plans sur les visages de ses personnages.
José Luis Guerín a choisi de filmer et de monter L'Académie des muses en même temps, nourrissant ainsi son écriture et ses choix de mise en scène par l'alternance entre ces deux phases habituellement distinctes. "Lors du montage on pèse, on évalue la force d’une phrase ou d’un geste capté par hasard, puis on tourne de nouveau pour tirer un film et lui trouver une signification ou en révéler le sens", explique le réalisateur. "Il est probable que ces nouvelles images contiennent de nouveaux mystères à lever… Ce n’est pas l’« exécution d’un plan prédéterminé » mais une écriture et une reconstruction permanente qui se nourrit du matériel filmé lui-même".