Contrairement à un film comme Dark Tide qui comprenait de vrais grands requins blancs, l'animal que l'on voit dans The Shallows a été créé entièrement par ordinateur. Un choix évident quand on sait que ces animaux ne supportent pas la captivité et qu'il est dangereux de les côtoyer. L'objectif pour les personnes en charge de sa création a été de rendre la créature la plus réaliste possible et pour ce, ils ont effectué un long travail de documentation avant de passer à l'étape de la conception.
Jaume Collet-Serra a souhaité que le grand requin blanc du film soit une femelle parce qu'elles ont, dans la réalité, une apparence plus terrifiante que les mâles : elles sont plus imposantes et la plupart d’entre elles possèdent de grandes cicatrices que leur infligent les mâles lors de l’accouplement.
Louis Leterrier (Danny the Dog, Insaisissables, Grimsby - Agent trop spécial) avait été choisi à l'origine pour réaliser Instint de survie. Il s'est finalement retiré du projet pour différends artistiques, suite aux coupes de budget du film. Jaume Collet-Serra, un réalisateur espagnol spécialiste des thrillers musclés avec Liam Neeson (Sans Identité, Non-Stop, Night Run) qui a déjà touché à l'horreur (La Maison de cire, Esther), a été choisi pour lui succéder.
Blake Lively a accouché 10 mois avant le tournage. Dans le but de se "sculpter" le corps adéquat pour incarner cette jeune femme adepte du surf, l'actrice s'est livrée à une préparation intense en compagnie de l'entraîneur fitness Don Saladino. L'objectif n'était pas seulement d'avoir un corps de sportive mais aussi de pouvoir être à même de supporter l'aspect physique de ce rôle éprouvant.
Ryan Reynolds avait lu le scénario de Instinct de survie - The Shallows avant Blake Lively et lui a ensuite conseillé d'accepter le rôle principal. L'acteur lui a dit que le film représenterait un challenge de taille pour elle, digne d'une préparation pour courir un marathon.
Etant donné le nombre de nanars et parodies qu'il y a eu depuis le chef d'oeuvre de Steven Spielberg Les Dents de la Mer au niveau des films de requins, on aurait tendance à oublier qu'il existe, à l'instar de The Shallows, des longs métrages plus sérieux et mieux faits. Parmi eux, nous pouvons citer The Reef, Open Water, Dark Tide ou encore Peur Bleue. Si ces quatre films n'ont pas forcément gagné les éloges des critiques, ils se hissent nettement au-dessus des nombreuses séries B et autres direct-to-dvd qui caractérisent le genre.
Blake Lively a confié au site ET qu'elle s'est inspirée pour ce rôle de la performance de son mari Ryan Reynolds dans le huis clos Buried. Dans ce film réalisé par Rodrigo Cortés, l'acteur était piégé dans une boîte en bois à plusieurs mètres sous terre avec un téléphone portable. Pour le couple, ces deux prestations dans ces deux films constituent de vrais défis physiques.
Le film a principalement été tourné sur la petite île Lord Howe, située à près de 800 km au large de Sydney. L'endroit est classé au patrimoine mondial de l’UNESCO et est principalement recouvert d’une forêt vierge qui abrite de nombreuses plantes et espèces animales endémiques. Dans les eaux turquoises qui l’entourent, on trouve notamment des tridacnes géants, des tortues de mer, des poissons-clowns, des pterois, des thons, des thazards, des poissons-papillons et des napoléons. The Shallows est le premier film tourné sur cette île.
Pendant le tournage sur l’île Lord Howe, la production a dû utiliser des filets anti-requins pour empêcher de vrais squales de pénétrer sur la zone du tournage.
La séquence la plus difficile à tourner n'était même pas une scène comprenant le requin. Il s'agit du moment où Nancy, assise sur sa planche de surf, discute avec les deux surfeurs qui se trouvent à une trentaine de mètres d’elle. Pour stabiliser la caméra, une grue a été fixée en quatre points sur un bateau tandis que des machinistes essayaient de la stabiliser. Blake lively était quant à elle retenue par des plongeurs. La scène a nécessité la présence de 9 bateaux, 70 personnes et plusieurs plongeurs.
Les cascadeurs, avec l'aide des équipes en charge des prises de vues sous-marines et des effets visuels, ont piloté le seabob doté d’un aileron qui a été utilisé pour représenter le requin pendant le tournage et créer les mouvements de l’eau générés par le passage du squale.
Sensible à la cause environnementale, Blake Lively avait en 2010 plongé avec des défenseurs de l’environnement pour observer le grand requin blanc. La comédienne se rappelle : "J’ai plongé avec de grands requins blancs à Gansbaai en Afrique du Sud, où je me suis retrouvée face-à-face avec ces créatures majestueuses. Ça a été une expérience incroyablement enrichissante car j’avais toujours été terrifiée par les grands requins blancs, mais lorsqu’on est dans l’eau avec eux, dans leur élément, on ne les voit plus comme de gigantesques et dangereuses créatures mais comme des animaux magnifiques, paisibles et calmes. Et cela m’a beaucoup aidée car dans ce film, je ne considère pas le requin comme un agresseur mais comme une créature remarquable qui tente simplement de survivre… tout comme Nancy."
Le budget du film est estimé à 13 millions de dollars. A titre de comparaison, Les Dents de la mer en avait coûté 8, Peur bleue 60 et Dark Tide 25. C'est aussi le deuxième film le moins cher réalisé par Jaume Collet-Serra puisque La Maison de cire a été conçu pour 30 millions de dollars, Goal 2 10, Esther 20, Sans identité 30, Non-Stop 50 et Night Run 50 aussi.
Le scénario d'Instict de survie faisait partie en 2014 de la Blacklist, soit la liste des scénarios les plus en vue qui n'ont pas encore été portés à l'écran. Il figurait également sur la Blood List, spécialisée quant à elle dans les scénarios de films d'horreur.
Avant de s'appeler The Shallows (Les Bas-fonds) en version originale, le titre de travail d'Instinct de survie était In the Deep (Dans les profondeurs).
Après la sortie de Instinct de survie - The Shallows, des scientifiques et des ONG ont dénoncé le fait que le requin du film soit représenté comme un prédateur assoiffé de chair humaine. Rappelant par la même occasion que les attaques demeurent très rares et que l'espèce est plus que jamais en voie de disparition.