Après des projections-tests qui ont fait émerger une oeuvre "trop compliquée" et "trop intellectuelle", le producteur David Ellison a souhaité changer la fin du film et adoucir le personnage joué par Natalie Portman. Mais Scott Rudin, également producteur, ainsi que le réalisateur Alex Garland, sont restés sur leurs positions. Au final, un accord a été trouvé : Annihilation resterait en l'état, mais ne sortirait en salles qu'aux Etats-Unis, au Canada et en Chine, le film étant diffusé sur Netflix dans le reste du monde.