Après Colin Trevorrow, choisi pour être aux commandes de Star Wars IX, c'est Juan Antonio Bayona qui a hérité du poste de réalisateur de Jurassic World: Fallen Kingdom. Le metteur en scène espagnol avait créé l'événement avec L'Orphelinat, son premier long métrage sorti en 2008, et avait connu un joli succès avec le film catastrophe The Impossible. Trevorrow s'est toutefois impliqué plus qu'il ne le pensait pour cette suite dont il a signé le scénario et a officié en tant que producteur. Il explique :
"Jurassic World 2 a fini par me prendre plus de temps et d'attention que je ne le pensais, juste parce que ça me tenait énormément à coeur. Je me suis surpris moi-même de voir combien je voulais être présent, en tant que scénariste, pour le réalisateur Juan Antonio Bayona. Je me souviens, quand j'ai réalisé Jurassic World, combien j'aurais aimé avoir un scénariste à mes côtés pour qu'il pense aux choses du quotidien et se demande quelles modifications nous pourrions apporter pour rendre l'ensemble bien plus efficace. Du coup, pour Jurassic World 2, j'étais avec Juan Antonio chaque jour pour lui fournir quelque chose que je n'avais pu avoir moi-même sur le premier film."
Etant donné que Jurassic World a réalisé le score très impressionnant de 1 671 713 208 dollars de recettes dans le monde lors de sa sortie en salles en 2015 (pour un budget de 150 millions de dollars), une suite a rapidement été lancée. Jurassic World est même devenu le cinquième plus gros succès mondial de tous les temps derrière Avatar, Titanic, Star Wars épisode VII : Le Réveil de la Force et Avengers: Infinity War (au jour du 21 mai 2018).
Le réalisateur de Jurassic World: Fallen Kingdom, Juan Antonio Bayona, a promis que cette suite sera bien plus effrayante que le film précédent. "Il y aura davantage d'animatronique. Nous suivrons la même règle générale de tous les films de la franchise : les dinosaures seront en animatronique lorsqu'ils se tiennent immobiles ou bougent simplement des cuisses ou du cou. Ils ne peuvent ni courir ni effectuer d'actions physiques complexes, et tout cela, l'animation le permet. Les mêmes règles s'appliquaient à Jurassic Park."
Le tournage de Jurassic World: Fallen Kingdom a commencé le 23 février 2017 et s'est achevé le 10 juillet de la même année. Parmi les lieux où l'équipe de Juan Antonio Bayona a posé ses caméras, il y avait principalement des endroits situés dans la banlieue de Londres comme les célèbres studios Pinewood, le Langley Business Centre de Slough ou encore le comté du Berkshire. Plusieurs séquences ont également été réalisées dans le National Park de Brecon Beacons au pays de Galle ainsi que sur l'île d'Hawaï comportant de magnifiques plages et forêts.
Il était crucial d’introduire de nouvelles créatures de différentes formes et époques. Entre le Baryonyx, le Carnotaurus ou le Stygimoloch, les auteurs ont apporté de multiples nouveaux venus dans ce royaume déchu. Et, cerise sur le gâteau, ils ont imaginé un nouveau monstre génétiquement modifié : l’affreux Indoraptor, produit du mélange de l’ADN du Vélociraptor, de l’Indominus Rex et d’autres créatures secrètes que le professeur Wu a combinées pour créer son code génétique. Il n’est pas tant redoutable par sa taille que par son intelligence, sa rapidité et son obéissance.
Présent dans Jurassic Park et Le Monde perdu : Jurassic Park, Jeff Goldblum a repris son personnage de Ian Malcolm, mathématicien et spécialiste des théorie du chaos, dans Jurassic World: Fallen Kingdom. Le personnage, très apprécié des fans de la franchise, avait été en quelque sorte teasé dès Jurassic World, à travers une couverture de livre visible dans le train puis dans la salle de contrôle du parc. Il retrouve ainsi B.D. Wong alias le Docteur Henry Wu, lui aussi survivant du premier Jurassic Park et déjà présent dans Jurassic World.
Omar Sy, qui était à l'affiche de Jurassic World, n'est pas présent dans cette suite. Au moment de la promotion de Demain tout commence, le comédien avait confié au micro d'AlloCiné : "Je peux le dire car maintenant j’en suis presque sûr. Je ne suis pas dedans. Voilà, je l’ai dit. C’est comme ça ! Ca se tourne au printemps et logiquement, à ce moment là, entre le temps qu’il reste pour tourner, si je devais être dedans, j’aurais eu un coup de fil. Ils ne m’ont pas appelé. Ca veut dire qu’à mon avis je ne suis pas dedans. On sait bien, une fois n’est pas coutume. C’était déjà génial d’être dans le précédent et d’avoir participé à cette aventure. Après, c’était ni obligé, ni forcé que j’y sois."
Sur Jurassic World: Fallen Kingdom, le responsable de la création des monstres préhistoriques Neal Scanlan et son équipe se sont beaucoup servis d’Animatronics, car ils permettent un certain réalisme sur le plateau... Mais pas forcément à l’écran, où les effets numériques sont nécessaires pour crédibiliser l’ensemble. Il confie : "C’est d’un côté mieux pour la lumière et les acteurs, mais d’un autre cela coûte beaucoup de temps et d’agent. Les deux techniques sont aussi pointues et intéressantes l’une que l’autre et nous avons essayé de maintenir l’équilibre entre les deux. Les Animatronics sont fascinants car ils sont tangibles, et ce n’est pas tous les jours que l’on peut voir un dinosaure en taille réelle."
Une équipe de marionnettistes avait le rôle d’animer les dinosaures pour créer un véritable rapport de jeu avec les acteurs. Pour Blue ou le T. Rex, il a fallu une douzaine de marionnettistes par créature, cachés derrière et dans les dinosaures et les effets numériques ont été ajoutés pour les mouvements de lèvres ou d’yeux. Mais les Animatronics avaient de la sueur et des fluides dans les yeux, ce qui ajoutait sur le plateau et pour les comédiens un aspect réel et tangible impressionnant. Neal Scanlan se rappelle :
"Les effets numériques ne sont pas antinomiques des effets manuels, au contraire ils ont permis leur avancée technologique sur bien des points. Autrefois, si je voulais un mât ou un câble pour animer un monstre c’était impossible car il était dans le champ de la caméra. Aujoud’hui, je peux avoir autant de mâts ou de câbles, même de marionnettistes car on peut les effacer de la prise grâce au numérique. C’est une collaboration qui s’affine au fil des ans. Dans Jurassic World il n’y avait qu’un Animatronics : l’Apatosaurus, les autres étaient en numérique, mais dans Jurassic World: Fallen Kingdom, il y a une véritable interaction avec les humains qui rendait nécessaire la présence des créatures sur le plateau."
David Vickery a supervisé l’équipe chargée des effets numériques pour Jurassic World: Fallen Kingdom. Il a tenu à respecter l’esprit d’ILM qui s’occupe depuis 25 ans de créer des dinosaures pour le plus grand plaisir des fans de la saga, tout en essayant d’innover pour marquer les esprits et faire de ce nouvel opus un épisode unique. Il raconte : "Ces films se rendent hommage mutuellement. Au début le spectateur se sentira en terrain connu, tout est familier. Mais tout cela va basculer quand les dinosaures vont être propulsés dans un nouvel environnement et devoir réagir dans des situations jusqu’alors inconnues. L’Indoraptor, notre nouveau monstre de 3 mètres de haut est deux fois plus grand que le Vélociraptor. Ce qui le rend vraiment dangereux c’est que c’est une ébauche, un brouillon, il n’est pas vraiment fini et donc totalement instable, dans sa tête, dans ses reflexes, comme dans son comportement. Il est secoué par des tics et des convulsions et est surtout totalement imprévisible. Mais notre vraie fierté est le nombre d’espèces que nous avons créées pour ce nouvel épisode de la saga qui est supérieur à ce qu’on a pu voir dans les films précédents."
Pour concevoir l’éruption volcanique, l'équipe technique a consulté des volcanologues pour pouvoir créer les effets pyrotechniques les plus crédibles qui soient. Bien sûr, le processus est largement accéléré pour les besoins du film mais chaque phase est réelle et basée sur des données scientifiques. De même, le centre d’accueil de Jurassic World complètement dévasté et les plans de désolation de l’île que les dinosaures se sont appropriés ont été générés informatiquement. Le bateau qui transporte les dinosaures, l’Arcadia, lui aussi a été totalement généré informatiquement. Un bateau de cette taille ne pourrait pas exister ni amarrer dans aucun port. La collaboration entre le département artistique, les accessoiristes, les machinistes, les décorateurs, l’éclairage et les effets visuels a soudé l’équipe.
La propriété des Lockwood a été entièrement construite dans les studios de Pinewood, qui ont abrité les départements artistiques, costumes, création des créatures, effets spéciaux, effets numériques et montage. Cette demeure impressionnante permet de remonter aux origines de la saga. Haute de plusieurs étages, avec toutes ces pièces, ces couloirs, une immense bibliothèque, le laboratoire sous terrain très arty, le bureau de Mills et les chambres à coucher, elle raconte à elle seule, beaucoup de choses sur l’homme qui a contribué à la catastrophe que l’humanité s’apprête à affronter. La bibliothèque est la combinaison de ce qui devait être d’après le script deux pièces différentes. Le chef décorateur Andy Nicholson a tenu à ce qu’elle reflète l’obsession de Lockwood pour les dinosaures autant que la richesse de son patrimoine culturel, scientifique et financier.
Comme pour le reste de la franchise, les décors de Jurassic World: Fallen Kingdom ont été construits à Hawaï, notamment à Police Beach pour le bâtiment d’accueil et la rue principale de Jurassic World et dans des bâtiments abandonnés et délabrés à cause de l’activité sismique de l’île. Il a fallu plus de 3 mois pour construire ce décor totalement décati. Ce film donne aussi l’occasion d’explorer d’autres parties du parc qui jusque-là étaient restées cachées jusque-là. Les extérieurs du bunker tour radio ont été filmés à Kualoa Ranch, une réserve privée de 2000 hectares, qui a notamment servi pour des films comme Windtalkers (John Woo, 2002), Pearl Harbor (Michael Bay, 2001), Godzilla (Gareth Edwards, 2014), Les Larmes du soleil (Antwane Fuqua, 2003) et Amour et amnésie (Peter Segal, 2004), ou des séries comme Hawaii Five O, Magnum et Lost.