L’Aigle et l’Enfant fusionne deux genres distincts : le documentaire animalier et la fiction dramatique. Ce mélange des genres a été possible grâce à la collaboration de deux spécialistes dans leur domaine : Otmar Penker, réalisateur de films animaliers et Gerardo Olivares, réalisateur de films familiaux. Le premier confie :
"Il a fallu des centaines de kilos de matériel pour tourner ces scènes. Il fallait marcher pendant des heures avant d’atteindre ces lieux qui sont des endroits des Alpes pratiquement inaccessibles. Nous avons parfois atteint les limites de nos capacités physiques."
Le cœur de l’histoire est le thème du Caïnisme, qui désigne le phénomène naturel d’agressivité régissant différentes espèces animales et qui débouche généralement sur la mort du plus faible. Ce phénomène est observé chez l’aigle royal : des deux aiglons, le plus fort pousse le plus faible hors du nid à une mort certaine. Sauf si quelqu’un intervient. Cette intervention va devenir le moteur narratif de L’Aigle et l’Enfant.
"Nous ne voulions pas simplement poser une caméra sur le dos de l’aigle. Nous voulions trouver un angle qui montrerait ses émotions durant le vol avec un gros plan sur ses yeux et son bec au vent", explique Gerald Salmina. Comme il n’existait pas de caméra HD suffisamment petite pour être montée près de la tête d’un aigle, elle a dû être inventée. Une caméra miniature haute résolution fut ainsi créée.
Le choix de l’acteur pour interpréter Lukas était évident pour Gerardo Olivares. Le metteur en scène avait en effet découvert Manuel Camacho lors du tournage de son précédent film, L’Enfant Loup. "J’ai précédemment travaillé avec Manuel dans L’Enfant Loup, et je sais exactement comment travailler avec lui. Il est comme un fils pour moi, d’un regard, nous savons exactement ce que l’autre veut", se rappelle Olivares.
Pour préparer au mieux les scènes durant lesquelles il est en contact avec les aigles, Manuel Camacho s’est rendu dans une fauconnerie à Landskron. Il y travailla sous la houlette de l’expert Franz Schüttelkopf et apprit à contrôler les rapaces.
Le tournage de L'Aigle et l'Enfant s’est déroulé dans la Vallée de Defereggen, située en Autriche dans le Tyrol de l’Est et dans la Vallée d’Ahrntal, en Italie dans le Tyrol du sud.