Les Enfants rouges n'a bénéficié d'aucun budget et d'aucune aide financière, qu'elle soit publique ou privée. Les membres de l'équipe technique et les acteurs ont travaillé pendant deux ans sans être rémunérés pour accomplir le film.
Santiago Amigorena souhaitait avec Les Enfant rouges faire une expérience personnelle. Il voulait étudier la question de la dépendance, ce qui rend un film et sa production dépendants de certaines choses. Le film est une réflexion sur ce qui pousse à raconter un certain type d'histoire, à mettre en scène d'une manière bien particulière. Les Enfant rouges est également une réflexion sur la créativité et sur ce qu'il est possible de créer lorsqu'on s'aboli des barrières et des consensus.
Les Enfants rouges est le résultat d'un travail collaboratif et d'un projet sans cesse remodelé. Le réalisateur confie : "Au tout début, j’avais envie de tourner un seul plan : celui de la terrasse d’un café. Une voix off, écrite après le tournage, inventerait une fiction sur les personnages qui s’y trouvent assis. Puis, à partir de ce premier plan, nous avons suivi nos désirs et notre instinct ensemble. Nous ne cessions jamais, en tournant, en discutant, de redéfinir, de réinventer."