Michel Gondry a dessiné parfois directement sur la pellicule du film, film qui atlerne par ailleurs entre le format 4/3 et le 16/9 plus habituel sur nos écrans.
Noam Chomsky, ancien professeur de linguistique au Massachusetts Institute of Technology, est connu du grand public pour ses penchants anarchistes. Si son nom vous est inconnu, ce n'est pourtant pas la première fois qu'il apparaît sur grand écran. Il a en effet joué son propre rôle dans plus de 130 films, dont certains lui sont entièrement consacrés, comme "Noam Chomsky: Distorted Morality" (2003), de John Junkerman, ou "Noam Chomsky : Rebel without a pause" (2003), de Will Pascoe. Il est même apparu dans un film de fiction, "Dead Man Working", en 2013, film de L.E. Salas.
Non content d'être le réalisateur et le scénariste de Conversation animée avec Noam Chomsky, Michel Gondry en est également le producteur et l'un des animateurs, réalisant lui-même nombre de dessins animés dans le film. Il est cependant déjà connu pour son éclectisme, passant à l'envie du grand au petit écran et de la fiction au documentaire ; celui-ci est le premier que réalise le cinéaste depuis L'Epine dans le coeur en 2009.
Si Michel Gondry n'a jamais réalisé de dessin animé à proprement parlé, il est par contre l'auteur de multiples séquences de cinéma d'animation, notamment dans ses films La Science des rêves et L'Ecume des jours. Il a par ailleurs participé en tant qu'animateur et décorateur à plusieurs séries animées, telles que Rahan, fils des âges farouches ou "Les Triplés" et s'est fait remarquer par ses nombreux clips faisant appel à la technique du stop-motion, comme celui des White Stripes, "Fell in love with a girl", entièrement fait de pièces Lego.
C'est en rencontrant Chomsky au MIT que Gondry décide de l'interviewer le temps d'un film, alors même qu'il pensait faire appel à un astronome ou à un physicien. Le réalisateur connaissait cependant déjà les théories de Chomsky, à savoir la grammaire générative et transformationnelle, étant passionné de génétique et de biologie.
C'est en interviewant Chomsky que Gondry tente de transmettre, à travers des dessins parfois abstraits, souvent intuitifs, ce qui lui venait en tête à l'entente de ce discours, sans chercher pour autant l'exactitude et la concordance exacte entre la réalité du propos et ses dessins. L'animation n'est pas didactique ou pédagogique chez Gondry, mais imaginative et libre.
Noam Chomsky n'est pas un grand cinéphile, il évite même tout particulièrement les films dans lesquels il apparaît. Pourtant, Michel Gondry a déclaré, lors d'une interview, que le linguiste était déjà allé voir trois fois son film et qu'il avait apparemment et pour une fois apprécié le travail fait autour de sa pensée et de son "personnage".
Conversation animée avec Noam Chomsky constitua, pour le réalisateur et selon ses dires, une libération et une possibilité de créativité par rapport à ses précédents longs-métrages. Il compare notamment son documentaire avec The Green Hornet, qui l'avait laissé quelque peu frustré du fait du peu de liberté qu'il avait par rapport à la construction du film et du personnage.
La plus grosse source de stress pour Michel Gondry sur le tournage de Conversation animée avec Noam Chomsky fut la barrière de la langue. En effet, le réalisateur craignait que les propos parfois ésotériques ou du moins métaphysiques du professeur ne soient trop imperméables à sa traduction personnelle.
Michel Gondry dit s'être inspiré, pour l'animation de son documentaire, des expériences et réalisations du père du cinéma animé, Emile Cohl, qui fut le premier à utiliser la caméra pour faire du dessin animé. Gondry avait auparavant déjà réalisé de l'animation relativement abstraite et simplifiée dans la construction de séries animées mais c'est la première fois qu'elle ressort de façon aussi explicite et en s'inspirant aussi clairement du maître de l'animation française.