C'est au cours d'un week-end en Bretagne avec une amie que la réalisatrice Sophie Letourneur a eu l'idée du scénario de son court métrage Le Marin masqué. Elle raconte : "Très vite, le mouvement du voyage a fait surgir des images, une histoire que j'ai imaginée sur le chemin du retour, dans la voiture. J'ai écrit le film dans la foulée, à partir de bribes de conversations que j'avais enregistrées avec mon dictaphone. J'ai voulu garder cette énergie et tourner très vite, comme si c'était facile, comme si ça allait de soi, d'un bloc."
L'affiche du court métrage Le Marin masqué a été réalisée par la dessinatrice, coloriste et écrivaine Nine Antico, principalement connue pour les bandes dessinées indépendantes Girls Don't Cry et Coney Island Baby. De quoi insuffler un ton underground à l'ensemble du film.
Après son long métrage La Vie au ranch, la cinéaste Sophie Letourneur a préféré revenir à son format favori, le court métrage. Accablée par l'attente entre chaque étape de tournage, occasionnée par la recherche perpétuelle de financement, elle a ainsi souhaité retrouver son naturel : "Ce qui m'importe c'est la spontanéité de mes désirs de cinéma, quel qu'en soit le cadre. C'est dans cet esprit que j'ai écrit Le Marin masqué. Sans doute par contraste, j'ai eu envie de repasser à une forme plus courte, plus souple, comme un terrain d'expérimentation débarrassé de toute pression de distribution", confie-t-elle.