Naomi Kawase a découvert la clinique Yoshimura, qu'elle filme dans son documentaire, grâce à son acupuncteur. En effet, ce dernier lui avait présenté un autre de ses patients, qui a alors commandé un film sur le sujet à la réalisatrice. Au début réticente à l'idée de faire un film de commande, Kawase a commencé par lire des ouvrages du Dr.Yoshimura. Partisane de ses idées, elle a alors décidé de le rencontrer.
Le mot "Genpin" est le nom que donne le philosophe Lao-Tzu à l’esprit de la vallée. Il est censé être incarné par une femme qui donne la vie et renvoie à la notion d’immortalité. En effet, selon cette philosophie, la vie s’inscrit dans un cycle et la mort d’une personne n’est en réalité que la mort de sa conscience, une transition vers une force supérieure imagée par la vallée.
La naissance est un thème récurrent dans la filmographie de Naomi Kawase. En effet, en 2004, la réalisatrice proposait Naissance et maternité, pour lequel elle s'était inspirée de sa propre expérience de l’accouchement naturel.
Même si la réalisatrice n'a pas voulu trop intervenir pendant le tournage de Genpin, elle a néanmoins orchestré plusieurs scènes dans son documentaire. En effet, elle a demandé aux femmes attendant d'accoucher dans le centre de Tadashi Yoshimura d'écrire une lettre pour raconter leur histoire, leurs impressions et leur état d'esprit au cours du tournage. Naomi Kawase a alors filmé, sur plusieurs séquences, la lecture de ces fameuses lettres, constituant ainsi la narration de son long métrage.
Pour la réalisatrice, le documentaire ne rejette pas les progrès d'une civilisation et ne prône pas non plus un retour vers le passé, mais appelle malgré tout à préserver certains modes de vie ancestraux. Pour Naomi Kawase : "L'essentiel est de trouver le juste équilibre."
Même si Genpin n'est pas le premier long métrage de la réalisatrice, c'est pourtant la première fois qu'elle signe la photo d'un de ses films.
Naomi Kawase a tourné ce documentaire en 16 mm afin d'approcher au plus près ses intervenants. Elle a ainsi filmé la nature, les témoignages des femmes enceintes et de l'équipe médicale, mais aussi trois accouchements. Sa démarche consistait à filmer l'intime avec une caméra qui suivrait les mêmes mouvements que son propre regard.
Naomi Kawase a étalé son tournage durant toute l'année 2009 afin de capter les lumières et les ambiances des quatre saisons. Au total, le tournage a duré 50 jours.
L’affiche du film est signée Joël Brisse. Ce peintre est également cinéaste, et a entre autres écrit et réalisé La Fin du règne animal en 2002 et Suite parlée - récits de souvenirs enfouis en 2009.