Blandine Lenoir a expliqué que la conception de son film est partie d’un sentiment de colère, suite aux différentes manifestations contre l'avortement. La réalisatrice a expliqué qu'elle avait un sentiment de régression par rapport aux droits des femmes et sur celui des couples. C'est pourquoi elle s'est posé la question : comment était la sexualité avant la contraception ? C'est cette interrogation qui l'a amenée à faire ce film.
Le film étant une adaptation d'un roman épistolaire, il fallait au mieux retransmettre l'impression de confidentialité d'une lettre. En effet, les personnes qui envoient ces courriers à l'abbé se confessent par écrit. Blandine Lenoir a déclaré qu'elle avait pris le parti de faire jouer les acteurs face caméra pour retransmettre au mieux cette impression de confession. Selon la cinéaste, parler face caméra donne un sentiment de proximité entre le personnage et le spectateur.
Ce film est en compétition pour le César du Meilleur Court Métrage 2011.
Ce court métrage s'inspire d'une œuvre de Martine Sevegrand, "L'Amour en toutes lettres". Le livre est constitué de plusieurs lettres de catholiques d’avant-guerre, qui expriment à un prêtre leur souffrance en posant des questions autour de la sexualité. Blandine Lenoir a déclaré avoir été frappée par cette notion constante de culpabilité autour du plaisir, encore beaucoup d'actualité selon elle.
Blandine Lenoir a commencé à réaliser des films à l'âge de 24 ans. Avec Monsieur l'abbé, elle signe son huitième court métrage. La réalisatrice a déclaré qu'elle souhaitait désormais s'attaquer au long métrage.
Avant de passer à la réalisation, Blandine Lenoir a fait ses premiers pas au cinéma en tant qu'actrice : "C’est un super poste d’observation, acteur. Il y a tellement de temps d’attente qu’on a le temps de comprendre pleins de trucs", déclare-t-elle.
Pour la préparation du film, Blandine Lenoir a fait venir les acteurs chez elle pour répéter. Sachant que le film expose des lettres privées, il fallait au mieux retransmettre cette atmosphère d'intimité.
Le film a été tourné principalement en studio, avec un décor spécifique pour chaque acteur. Concernant les plans en extérieur, ils ont été tournés en Charente.