En 1973, Gamera se sacrifie et meurt en sauvant la vie d'un jeune garçon attaqué par une horde de Gyaos. Trente ans plus tard, le fils de ce garçon, Toru découvre un oeuf. De cet oeuf naît une petite tortue qu'il nomme Toto. Mais Toto n'est pas une tortue comme les autres...