Alors qu’il s’apprête à intégrer l’armée israélienne pour effectuer son service militaire, Joseph découvre qu’il n’est pas le fils biologique de ses parents et qu’il a été échangé à la naissance avec Yacine, l’enfant d’une famille palestinienne de Cisjordanie.
Mystères de Lisbonne nous entraîne dans un tourbillon permanent d’aventures et de mésaventures, de coïncidences et de révélations, de sentiments et de passions violentes, de vengeances, d’amours contrariées et illégitimes dans un voyage mouvementé.
Noël Durieux, un ancien truand, s'occupe désormais d'un haras avec sa femme Nicole. Mickey, un malfrat en cavale, trouve refuge chez lui, mais en le voyant discuter avec l'inspecteur Sarlat, il s'imagine que Noël l'a dénoncé...