Fragments sur la grâce est la réponse du réalisateur aux multiples documentaires historiques qu'il juge pauvres, notamment à cause des "banc-titrage dramatisé, voix off péremptoire, illustration musicale fantaisiste, ce flux ininterrompu finit par former un tout anachronique". Selon lui, "un lieu est à inventer, un défi à relever".
Le réalisateur reproche au cinéma contemporain une approche trop unique et trop simple du XVIIème siècle. Selon lui, l'aspect le plus souvent représenté est le côté majestueux et triomphant de Versailles. Il a donc voulu montré "un XVIIème siècle plus sombre, plus intérieur, plus tendu, celui des vanités, du luth, des leçons d'anatomie, des philosophes cabalistes."
Le cinéaste Vincent Dieutre est un habitué des festivals. Il a notamment décroché le Prix du jury au Festival de Marseille en 2000 pour Leçons de ténèbres et le Prix du jury au Festival de Locarno vidéo en 2001 pour Bonne nouvelle, réalisé pour la Lucarne d'Arte.
Depuis son premier long métrage, Rome désolée, réalisé en 1996, Vincent Dieutre a pris l'habitude de construire ses films à partir d'une base autobiographique. Pour Fragments sur la grâce, il a souhaité "tenter l'expérience d'un déplacement du regard intime, introspectif, vers le passé. Le materiau de départ de mes agencements filmiques ne serait plus les archives de ma propre vie mais celles de l'existence d'un groupe restreint d'hommes et de femmes, il y a 400 ans..."
Grâce à son passé d'enseignant à l'université, le réalisateur a pu se rendre compte de l'importance et du besoin que représente un tel documentaire. En effet, il a ressenti chez ses étudiants "un profond besoin de se resituer dans une perspective historique, besoin souvent contrecarré par l'avènement d'une gestion événementielle de l'histoire (centenaires, expos, etc.) qui leur en impose une perception lacunaire, séparée et anachronique."