Fasciné par les imperfections des hommes, le réalisateur a réuni un casting unique regroupant surtout des handicapés. Alejandro Jodorowsky raconte comment s'est déroulé la sélection des acteurs : "Avec des yeux de cinéaste halluciné, j'ai parcouru les rues de petits villages mexicains, cherchant des gens, pas des "acteurs". Quand je rencontrais un "monstre", je prenais un plaisir semblable à celui de la découverte d'une perle dans un coquillage. J'ai toujours détesté les " stars " de cinéma. Je trouve que leur immense ego nuit dangereusement aux films."
La majeure partie d'El Topo a été tournée de manière illégale, sans autorisation. Accompagné d'une équipe réduite, Alejandro Jodorowsky évitait ainsi plus facilement les inspections du travail.
Célébré par la génération flower-power, El Topo n'a logiquement pas échappé au regard du célèbre chanteur John Lennon. C'est grâce à son soutien que le film de Jodorowsky put être distribué.
Comme l'explique Jodorowsky, il s'était associé à un commerçant malhonnête pour réunir des fonds pour son long métrage : "Nous signions des chèques en bois. Avec un crédit de 500 000 dollars - le prix d'El topo - que nous devions impérativement rembourser, nous étions dans la nécessité de vendre rapidement le film aux Etats-Unis. Mon partenaire mit quinze jours à le vendre. Quand il est revenu, j'avais perdu 15 kilos. Un par jour ! Sans cette vente, nous aurions fini en prison."
Du fait de son audace graphique et de ses délires mystiques, El Topo devint rapidement un film culte chez les cinéphiles underground. A l'affiche à New York pendant sept mois, il fut régulièrement projeté en séance de minuit au même titre qu'Eraserhead ou Monty Python, sacré Graal (voir le documentaire Midnight Movies à ce sujet).
Pendant de nombreuses années, les droits de El Topo et de La Montagne sacrée étaient détenus par l'homme d'affaires Allen Klein (collaborateur des Rolling Stones et des Beatles). Suite à un conflit avec Alejandro Jodorowsky, la distribution officielle de ces films ne fut plus assurée jusqu'en 2006.