Dans la 2e Partie de cet épisode final, le combat entre les puissances du bien et du mal de l’univers des sorciers se transforme en guerre sans merci. Les enjeux n’ont jamais été si considérables et personne n’est en sécurité.
À la mort de son grand-père, Jacob découvre l'existence d'un monde mystérieux. Plusieurs indices le mènent dans ce lieu magique : la Maison de Miss Peregrine pour Enfants Particuliers. Mais le mystère et le danger s'amplifient quand il apprend à connaître les résidents, leurs étranges pouvoirs... et leurs puissants ennemis. Finalement, Jacob découvre que seule sa propre "particularité" peut sauver ses nouveaux amis.