Deux petites filles, Mei et Satsuki, viennent s'installer avec leur père dans une grande maison à la campagne afin de se rapprocher de l'hôpital où séjourne leur mère. Elles vont découvrir l'existence de leurs nouveaux voisins, invisible aux yeux des autres humains, des créatures merveilleuses, mais très discrètes : Grand Totoro, Moyen Totoro (Chū-Totoro) et Petit Totoro (Chibi-Totoro). Avec son ventre rebondi, Totoro est un être rare et fascinant, un esprit de la forêt... Il se nourrit de glands et de noix. Il peut voler, se déplacer en « Chat-Bus ». Il dort le jour, mais les nuits de pleine lune, il aime jouer avec des ocarinas magiques...
Espèce mi-raton laveur mi-blaireau, les Tanukis partageaient aisément leur espace vital avec les paysans. Entrecoupée de batailles entre tribus, leur vie insouciante leur faisait ignorer la présence toujours plus proche des hommes… Jusqu’au jour où ces derniers décident de s’approprier leur territoire et de faire de la montagne une ville. Capables de se métamorphoser à volonté, les Tanukis vont tenter d’effrayer les humains grâce à leurs pouvoirs extraordinaires. Cependant, il en faudra plus pour que les hommes renoncent à la destruction de la forêt. Face à la menace expansionniste, la riposte des Tanukis s’organise mais les animaux ne sont pas au bout de leurs peines !
Mitsuha, adolescente coincée dans une famille traditionnelle, rêve de quitter ses montagnes natales pour découvrir la vie trépidante de Tokyo. Elle est loin d’imaginer pouvoir vivre l’aventure urbaine dans la peau de… Taki, un jeune lycéen vivant à Tokyo, occupé entre son petit boulot dans un restaurant italien et ses nombreux amis.