1941. Napoléon V règne sur la France, où, comme partout sur le globe, depuis 70 ans, les savants disparaissent mystérieusement, privant l’humanité d’inventions capitales. C’est dans ce monde étrange qu’une jeune fille, Avril, part à la recherche de ses parents, scientifiques disparus.
À la mort de son grand-père, Jacob découvre l'existence d'un monde mystérieux. Plusieurs indices le mènent dans ce lieu magique : la Maison de Miss Peregrine pour Enfants Particuliers. Mais le mystère et le danger s'amplifient quand il apprend à connaître les résidents, leurs étranges pouvoirs... et leurs puissants ennemis. Finalement, Jacob découvre que seule sa propre "particularité" peut sauver ses nouveaux amis.
A l’heure du départ pour la grande migration, Darius, le doyen de la volée est blessé, il va devoir confier tous ses secrets et le nouvel itinéraire du voyage au premier oiseau venu. Et cet oiseau… c’est notre héros, exalté à l’idée de découvrir enfin le monde… mais pas du tout migrateur!