Dans un Tableau abandonné par son Peintre, vivent trois sortes de personnages : les Toupins qui sont entièrement peints, les Pafinis auxquels il manque quelques couleurs et les Reufs qui ne sont que des esquisses. S'estimant supérieurs, les Toupins ont pris le pouvoir...
1941. Napoléon V règne sur la France, où, comme partout sur le globe, depuis 70 ans, les savants disparaissent mystérieusement, privant l’humanité d’inventions capitales. C’est dans ce monde étrange qu’une jeune fille, Avril, part à la recherche de ses parents, scientifiques disparus.
À la mort de son grand-père, Jacob découvre l'existence d'un monde mystérieux. Plusieurs indices le mènent dans ce lieu magique : la Maison de Miss Peregrine pour Enfants Particuliers. Mais le mystère et le danger s'amplifient quand il apprend à connaître les résidents, leurs étranges pouvoirs... et leurs puissants ennemis. Finalement, Jacob découvre que seule sa propre "particularité" peut sauver ses nouveaux amis.