Père célibataire, Benjamin a bien du mal à élever ses 2 jeunes enfants. Espérant resserrer les liens familiaux, il décide de prendre un nouveau départ, plaque son travail et achète une vieille maison sur une immense propriété, qui a la particularité d’abriter un zoo délabré.
À travers l’histoire d’un naufragé sur une île déserte tropicale peuplée de tortues, de crabes et d’oiseaux, La Tortue rouge raconte les grandes étapes de la vie d’un être humain.
Tout commence le jour où Tonio, le fils du roi des ours, est enlevé par des chasseurs dans les montagnes de Sicile… Profitant de la rigueur d’un hiver qui menace son peuple de famine, le roi décide alors d’envahir la plaine où habitent les hommes.
Sur une plage, un jeune garçon découvre un dauphin blessé à la queue. Une équipe de sauvetage récupère le mammifère marin qui doit être amputé. La vie de l'animal adopté est en grave danger et il faut à tout prix trouver un moyen de le sauver.