Fin 1944. Le Japon est en train de perdre la guerre. Sur ordre du mystérieux Major Taniguchi, le jeune Hiroo Onoda est envoyé sur une île des Philippines juste avant le débarquement américain. Pour l'Empire, la guerre est sur le point de finir. Pour Onoda, elle s'achèvera 10 000 nuits plus tard.
Cambodge, 1971. Alors qu’il travaille à la restauration des temples d’Angkor, François Bizot, ethnologue français, est capturé par les Khmers rouges. Détenu dans un camp perdu dans la jungle, Bizot est accusé d’être un espion de la CIA...