À l'intérieur d'un tribunal, Zain, un garçon de 12 ans, est présenté devant le juge. À la question : " Pourquoi attaquez-vous vos parents en justice ? ", Zain lui répond : " Pour m'avoir donné la vie ! ". Capharnaüm retrace l'incroyable parcours de cet enfant en quête d'identité et qui se rebelle contre la vie qu'on cherche à lui imposer.
Farès et Meriem forment avec Aziz, leur fils de 9 ans, une famille tunisienne moderne issue d’un milieu privilégié. Lors d’une virée dans le sud de la Tunisie, leur voiture est prise pour cible par un groupe terroriste et le jeune garçon est grièvement blessé..
Sur l’île fictionnelle d’Orphalese, Almitra, une petite fille de huit ans, rencontre Mustafa, prisonnier politique assigné à résidence. Contre toute attente, cette rencontre se transforme en amitié. Ce même jour, les autorités apprennent à Mustafa sa libération.
Liban, dans un futur proche. Soraya et Walid se sont construits une vie idyllique dans les montagnes, loin du désordre et de la pollution de Beyrouth. La vie paisible de la famille est brutalement remise en question par l’installation d’une décharge prétendument écologique.