Dès son plus jeune âge, Alberta Watson se produit dans un théâtre local de son Canada natal. Après un premier rôle remarqué au cinéma dans In Praise of Older Women (1978), elle s'envole vers les États-Unis et joue dans le film d'horreur La Forteresse noire (1983) parmi d'autres longs-métrages. En 1995, elle interprète la mère d'un pirate informatique dans Hackers, avant d'apparaître aux côtés de Ian Holm deux ans plus tard dans De beaux lendemains.
Le grand public la découvre grâce à son rôle de Madeline dans les 5 saisons de La Femme Nikita (1997), adaptation sur petit écran du long-métrage de Luc Besson, Nikita. La comédienne alterne les projets au cinéma comme à la télévision. On la retrouve sous la houlette de David O. Russell pour la comédie Spanking The Monkey. Dans cette première oeuvre du cinéaste d'American Bluff, Watson y interprète une mère de famille faisant face aux premiers émois sexuels de son fils.
L'actrice enchaîne ensuite de nombreux téléfilms et séries (Missing : disparus sans laisser de trace, Soul Food : Les liens du sang, Au-delà du réel, l'aventure continue...) avant de devenir en 2004 la nouvelle directrice de la Cellule Anti-Terroriste dans la série à succès 24 heures chrono aux côtés de Kiefer Sutherland.
Alberta Watson incarne Erin Driscoll dans la saison 4
En 2007, Alberta Watson partage l'affiche avec Joseph Gordon-Levitt et Jeff Daniels dans The Lookout, thriller psychologique haletant suivant le parcours d'un jeune homme atteint de lésions neurologiques. L'année suivante, l'artiste se glisse dans la peau de la ministre Suzanne Fleischer dans The Border : police des frontières. La série suit un groupe d'agents des services d'immigration et des douanes oeuvrant pour la sécurité du Canada.
La canadienne retrouve en 2010 l'univers de Luc Besson en intégrant le casting de Nikita, nouvelle adaptation télé du film culte du réalisateur français. Comme un symbole, la comédienne incarne à nouveau un personnage nommé Madeline, comme dans la première série dérivée à laquelle elle a participé entre 1997 et 2001. La comédienne prête donc ses traits à la sénatrice Madeline Pierce pendant deux saisons. Il sagit de son dernier rôle ; Alberta Watson arrêtera ensuite de tourner jusqu'à son décès en mars 2015 à l'âge de 60 ans.
Nikita, le chant du cygne d'Alberta Watson