CE 72. Alors que la paix entre les PLANTS et l'Alliance Terrestre était des plus fragile, 3 Gundam de Zaft sont volés par des inconnus, forçant Shinn Asuka et le vaisseau Minerva à les prendres en chasse. Alors qu'il est rejoint par l'ancien transfuge de Zaft, Athrun Zala, l'organisation Blue Cosmos provoque un nouveau conflit entre l'Alliance Terrestre et ZAFT...