Teppei et Kotaro sont deux frères qui ont vécu sur l'île de Kamui, créée par un fragment du soleil. Alors que l'aîné se rend à une exposition mondiale de robotique, il est enlevé par l'Empire des Machines, organisation spécialisée dans la création de machines de combat qui nécessite son savoir. Teppei, le cadet, va partir au secours de son frère et sur la route de son périple il réveillera X, le B't légendaire. A eux deux, ils auront fort à faire pour sauver Kotaro et protéger le monde d'une terrible menace...