Godzilla, un gigantesque lézard préhistorique qui a causé d'innombrables ravages, a fini par être tué : Mais il subsiste un oeuf, pondu par la créature, et qui finit par éclore. Nick Tatopoulos, un chercheur, récupère la progéniture et décide de l'étudier avec son équipe HEAT dans son quartier général. Cependant, le long des côtes de Jamaique, des bateaux disparaissent, et "le nouveau" Godzilla est mis en cause. Le Major Hicks et l'armée apprenant le lieu où se trouve le monstre, débarquent au QG du HEAT, et le tuent apparemment. La HEAT décide alors d'aller en Jamaique pour enquêter sur ces fameuses disparitions et découvre non seulement une pieuvre géante mais aussi un gigantesque crabe en train de manger du pétrole et qui serait l'instigateur de ces disparitions mystérieuses. Godzilla, bien vivant, réapparait et détruit les deux monstres, puis remonte à la surface tous les bateaux disparus. Nick convainc alors le major de laisser en vie la créature, ce qu'il accepte pour le moment, conscient de l'aide apportée par le reptile géant. Nick qui s'est lié d'amitié avec la créature, décide de tout faire pour qu'elle ne soit pas tuée par l'armée qui l'accuse perpétuellement de toutes les destructions et dégâts causés alors qu'ils sont dûs à d'autres monstres plus horribles encore que Godzilla. Grâce à son équipe composée de deux scientifiques, d'un génie de l'informatique et d'un agent des services secrets français mais aussi et surtout, grâce à Godzilla, ils vont venir à bout des monstres les plus coriaces : En effet Godzilla a le pouvoir de concentrer de l'énergie au niveau de ses écailles dorsales, qu'il expulse de sa gueule en une gigantesque flamme dévastatrice.