1er juillet 1947. Le crash d'un OVNI a lieu à Roswell (Nouveau Mexique) et l'épave d'un vaisseau est retrouvée avec à son bord les cadavres de 4 aliens. Tandis que l'armée tente d'étouffer l'affaire auprès des médias, le colonel Thomas Cambell prend la direction des opérations, au grand dam de l'ambitieux capitaine Owen Crawford, qui n'apprécie pas d'avoir été écarté et décide alors de mener sa propre enquête... Depuis son retour d'Europe où il a combattu durant la seconde guerre mondiale, le capitaine Russell Keys ne parvient pas à trouver la paix auprès de son épouse et de leur fils. Hanté par des cauchemars en relation avec des événements survenus à ses hommes et à lui en 1944, il tente de se souvenir ce qui a bien pu lui arriver... Dans le sud du Texas, Sally Clarke recueille en pleine nuit, alors que son époux est en déplacement, un étranger qui semble traqué et blessé...
S01E02 - Jacob et Jesse
Près de dix années après le crash de Roswell, Crawford s'efforce toujours d'élucider le mystère. Face à l'impuissance de son équipe qui semble tourner en rond, il met le Dr Kreutz sur le coup. Ce dernier propose de trouver une personne ayant une puissance d'esprit suffisante pour fournir l'énergie nécessaire qui fera démarrer le vaisseau... Russell Keys a passé ces dernières années à fuir pour que les extraterrestres ne le retrouvent pas. Comprenant qu'ils en ont après lui parce que son sang a une particularité qu'ils recherchent, il décide de protéger son fils, Jesse. Mais il est trop tard ! Le jeune garçon fait déjà l'objet de disparitions... A Lubbock dans le Texas, Jacob, fruit des amours entre Sally et le visiteur, fait preuve de pouvoirs de clairvoyance étonnants. Sa mère, de son côté, tente d'établir un contact avec le père de l'enfant...
S01E03 - De grandes espérances
Toujours la cible des extraterrestres, Jesse va trouver son père. Ensemble, ils décident de demander l'aide et la protection de l'armée... Afin d'éviter que les fonds de son programme de recherche sur les extraterrestres ne soient coupés, mettant fin à des années de travail, le colonel Crawford cherche des preuves pour convaincre le Président Kennedy de la nécessité de l'opération. Avec son équipe, il décide de se tourner vers les personnes victimes de disparitions. Mais en Parallèle, Owen doit face à la déchéance de son épouse qui sombre dans l'alcool... Réfugié dans une école du Montana, Jacob découvre à ses dépens que l'utilisation de ses pouvoirs l'affaiblit considérablement...
S01E04 - Epreuves
Suite à la découverte de traces représentant un signal étrange, Owen alerte le Président Nixon car il pense qu'une invasion extraterrestre est imminente. Mais après la découverte d'autres signaux non crédibles, le colonel Crawford se voit retirer le projet sur lequel il travaille depuis plus de vingt ans... De retour de la guerre du Vietnam, Jesse sombre dans la drogue pour tenter d'oublier. Hanté par la traque des aliens et la mort de ses camarades qu'il n'a pu empêcher, le jeune homme est sur le point de craquer. Mais son chemin croise celui d'une ravissante infirmière... Owen confie à son fils Sam, son préféré, les secrets de sa quête et sa rencontre spéciale avec Jacob. Dans le journal, un article relate la découverte d'une momie à la suite de fouilles archéologiques en Alaska. Sur les murs de la chambre funéraire, des symboles étranges rappellent ceux inscrit sur le morceau de vaisseau conservé par Owen. Intrigué par ces symboles, Sam part en Alaska pour en savoir plus...
S01E05 - Entretien
Après la mort de son père, Eric Crawford reprend le dossier sur les extraterrestres. Il découvre que des implants ont été placés sur de nombreuses personnes. Implants qui permettraient aux visiteurs de repérer leurs cobayes. Eric décide de s'intéresser de plus près à la famille Clarke... La famille Clarke, d'ailleurs, est réunie au chevet de Sally, mourante. Suite à une démonstration de Jacob, Tom comprend que ce qu'il a dénigré pendant des années est réel. Les extraterrestres existeraient vraiment... Devenu paranoïaque, Jesse craint d'être un danger pour sa famille. Il consulte alors un médecin qui lui propose un moyen de dissoudre sans chirurgie cet implant qu'il a dans la tête...
S01E06 - Charlie et Lisa
Eric Crawford se voit retirer le projet après avoir perdu ses preuves. Le Dr Wakeman et lui sont résolus à passer à autre chose. Eric conserve néanmoins dans le plus grand secret l'héritage de son père : le précieux morceau de vaisseau avec les inscriptions. Et il demande toujours qu'est-ce qui a pu faire passer Tom Clarke aussi brutalement du scepticisme à la croyance... Avant de mourir, Jacob remet à sa fille Lisa le pendentif en étoile de sa grand-mère... Charlie, lui, continue de faire l'objet de disparitions malgré les fréquents déménagements... Lorsque Lisa est victime à son tour de disparitions, elle se tourne vers son oncle Tom pour avoir des réponses...
S01E07 - L'Équation de Dieu
Agée de 9 ans, la petite Allie est toujours sous la surveillance étroite du gouvernement. Eric Crawford est encore à la tête du projet mais c'est sa fille qui dirige activement les opérations avec son amant, le Dr Wakeman. Ils bénéficient aujourd'hui d'une avancée technologique qui leur permet de localiser les fréquences des implants et retrouver, dans le même temps, la personne qui le porte. Wakeman explique à Eric que la fréquence de la spirale neuronale qui est dans le cerveau d'Allie - son héritage extraterrestre - peut être bloqué ; ce qui leur permettrait de kidnapper l'enfant à l'insu des petits hommes gris... Lisa suit une thérapie de groupe de personnes ayant été les victimes des aliens. Elle y fait la connaissance de Charlie venus chercher des preuves, des explications. Tous les deux ont l'étrange impression de se connaître...
S01E08 - Chute de la vaisselle
Pour éviter que d'autres personnes ne souffrent, Allie accepte de se rendre aux mains de l'armée. La jubilation de Mary Crawford est de courte durée. Le général Beers lui annonce en effet qu'il prend désormais les choses en main et il exclut la jeune femme de la suite des opérations. Après avoir pris soin de brouiller la fréquence d'Allie avec un casque, ses hommes, le Dr Wakeman et lui emmènent la petite en lieu sûr où ils espèrent tendre un piège aux extraterrestres... Lisa décide d'exploiter le lien qui l'unit à sa fille en entrant en hypnose pour rétablir le contact et la localiser... Mary, n'ayant pas dit son dernier mot, cherche un moyen de savoir où ils ont amené Allie...
S01E09 - John
Attaquée par l'armée, la soucoupe volante s'est écrasée. Mary profite de la confusion qui règne pour échapper à la surveillance des soldats et entrer dans le vaisseau. Le pouvoir des extraterrestres la confronte à Owen, son grand-père qu'elle admire tant ! Bien que décédé, celui-ci lui apparaît à partir d'images provenant de son esprit à elle... Une équipe armée s'apprête à monter à bord du vaisseau. Pour les accueillir, apparaît la maman d'un des soldats qui leur propose des gâteaux... Charlie et Lisa approchent de la cabane où Allie est retenue prisonnière. Connectée à sa propre fille, Lisa est au bord du malaise. Elle ne comprend pas ce qui lui arrive. Le Dr Wakeman constate en effet que l'activité cérébrale de la petite fille est très élevée. Elle semble travailler sur quelque chose, mais quoi ?
S01E10 - Disparition
Charlie, Lisa et Allie sont toujours en fuite. John a rétabli le contact avec la famille Clarke pour ramener la petite avec lui. Allie sait que les choses doivent se finir ainsi mais elle refuse de quitter sa famille. Sa mère n'est d'ailleurs pas prête de la laisser partir. John leur explique que les extraterrestres sont venus sur Terre pour étudier l'humanité. Jusqu'alors étrangers aux concepts du Bien et du Mal, aux émotions contradictoires qui assaillent les humains, John a découvert, en rencontrant Sally, qu'il avait en lui ces prédispositions en latence dans son cerveau. Les recherches effectuées depuis des années leur ont été nécessaires, tout comme ils ont besoin d'Allie aujourd'hui pour résoudre la partie manquante de l'équation qui leur permettra de faire un pas dans l'évolution... Mary et Wakeman pistent Allie grâce au signal qu'elle émet malgré elle... Lisa prend contact avec son oncle Tom pour qu'il les aide à se cacher...