Le fils de Leo et Piper, Wyatt, lui aussi doté de pouvoirs, grandit. Piper apprend qu'elle attend un second enfant. Ile des Walkyries, voyages dans le temps, mondes parallèles ou réalités alternatives : les rebondissements ne laissent aucun répit aux soeurs Halliwell.
Leo a disparu ! Phoebe et Paige le recherchent pendant que Piper, qui ne ressent ni peine ni douleur, s'occupe du bébé. Les soeurs Halliwell apprennent bientôt que Leo est retenu sur la mythique île de Valhalley. Elles ignorent malheureusement que Chris, le nouvel Etre de lumière, est derrière tout ça. Les demi-déesses, qui habitent l'île, récupèrent l'âme des valeureux guerriers morts au combat afin de constituer une armée pour anéantir le Mal. Et pour tester ces guerriers, elles obligent Leo à les affronter un à un dans une arène tel un gladiateur... Phoebe se découvre le nouveau pouvoir d'empathie et les dangers que cela entraîne...
S06E02 - L'Âme des guerrières - 2ème partie
Sur l'île des Walkiries, les soeurs Halliwell viennent au secours de Leo. Ayant retrouvé la mémoire, Piper, furieuse et blessée, décide de rester sur l'île et de devenir une Walkirie. Trois guerriers sur les traces de Phoebe, Paige et Leo sont aspirés par le vortex et se retrouvent à San Francisco où ils causent un véritable carnage... Piper se joint aux Walkiries pour détruire Phoebe et Paige afin que le secret de l'existence de l'île demeure... Leo affronte Chris mais ce dernier nie sa responsabilité dans les derniers événements...
S06E03 - L'Apprenti sorcier
Wyatt fait apparaître en public un dragon tout droit sortir d'une de ses vidéos de dessins animés. Un groupe surnommé les Nettoyeurs, qui a pour mission de protéger la magie et donc éviter que les humains connaissent son existence, est furieux d'un tel acte et décide de kidnapper Wyatt. De plus, ces derniers ont aussi effacé Wyatt de l'esprit des 3 soeurs. Phoebe, Paige et Piper font alors un sort pour retrouver la mémoire car elles se doutent qu'il manque quelque chose d'important. Elles revivent l'enlèvement et doivent sauver Wyatt tout en risquant d'exposer le monde de la magie aux Humains...
S06E04 - Le Pouvoir des trois... blondes
Trois soeurs sorcières blondes venant des années 20, décident de voler le Livre des Ombres et les pouvoirs des soeurs Halliwell afin de s'approprier leur identité. Piper, Phoebe et Paige doivent ainsi vivre sans leurs pouvoirs. Pour récupérer leurs vies, les soeurs Halliwell doivent convaincre Chris que Mitzy, Mabel et Margo sont trois imposteurs. Alors que Leo n'a toujours pas trouvé qui l'a envoyé en exil forcé sur l'île de Valhalley, il redouble d'efforts pour explorer toutes les pistes possibles. Phoebe et Jason évoquent ensemble les sentiments qu'ils éprouvent l'un pour l'autre. Chris est amené à avouer aux 3 soeurs qu'il n'est pas Etre de Lumière mais qu'à moitié tout comme Paige...
S06E05 - Vengeance d'outre-tombe
Paige à un nouveau petit ami nommé Richard.Malheureusement, celui-ci est un Warlock et sa famille est maudite. Il veut ainsi ne jamais se servir de la magie pour pouvoir échapper à cette malédiction. Il s'en sert toutefois pour contacter son ex-petit amie et cette dernière prend possession du corps de Paige. Piper et Phoebe doivent alors la bannir afin de sauver leur soeur. Par ailleurs, Léo est soupçonneux car Chris effectue des voyages en enfer à la recherche d'une potion...
S06E06 - L'Énergie du désir
Les soeurs Halliwell font passer leur vie de femmes avant leur vie de sorcières et cela énerve énormément Chris qui veut leur donner une leçon. Celui-ci contacte un démon nommé Gith qui crée des mondes parallèles dans lequel les désirs de ses victimes deviennent réels. Piper est transportée dans un monde où elle ne peut pas aider son fils, ce dernier est atteint d'une terrible et incurable fièvre. De son côté Phoebe se retrouve dans un monde reflétant tous les désirs de Jason à cause de son empathie. Et Paige atterri dans un monde où la magie est connue de tous et où on lui demande de l'aide...
S06E07 - Pacte avec le diable
Larry, le nouvel employeur de Paige, meurt assassiné par Zahn, un démon. Intriguée, la sorcière mène son enquête et apprend que ce dernier a connu une réussite fulgurante ces dernières années. Sur le conseil de Richard, Paige invoque le fantôme de la victime pour en savoir plus : il lui apprend qu'il a vendu son âme au démon il y a 5 ans pour que sa famille soit heureuse. Paige décide alors de tout mettre en oeuvre pour sauver l'âme du malheureux et invoque Zahn pour le tuer. Mais en agissant ainsi, elle risque de mettre en péril toutes les âmes sous le contrôle de celui-ci... Pendant ce temps, Chris et Leo sont bloqués dans l'ère crétacée...
S06E08 - Excalibur
Tentant de venir en aide à la Dame du Lac menacée par le Chevalier Noir, les soeurs Halliwell parviennent à destituer ce dernier de son épee. De nombreux sorciers et magiciens essaient alors de s'emparer de l'épée coincée dans une pierre. Mais seule Piper y parvient. Un certain Mordaunt lui apparaît et lui apprend à manier l'épée afin d'éliminer le Chevalier Noir... Phoebe désapprouve la relation entre Paige, devenue entre-temps son assistante, et Richard. Celui-ci sauve in extremis les deux jeunes femmes d'un piège tendu par Mordaunt...
S06E09 - Instinct paternel
Les 3 soeurs sont forcées de recueillir l'enfant d'un démon Manticore, qui a l'apparence d'un bébé humain. Celui-ci s'entend très bien avec Wyatt et les 2 bébés refusent d'être séparés. Mais le père de l'enfant veut à tout prix reprendre son fils et kidnappe Piper. Il s'avère en fait que le père, nommé Derek, veut juste élever son fils loin des monstres. Paige et Phoebe passent alors un accord avec les Manticores : elles leur rendront le bébé en échange de Piper...
S06E10 - Le Phénix
On apprend que Chris vient en fait du futur où Wyatt devenu un sorcier très puissant fait régner la terreur. Chris a donc accepté de retourner dans le passé pour changer les choses puisque Wyatt n'est alors qu'un bébé. Bianca, la fiancée de Chris dans le futur revient en 2004 afin d'empêcher le jeune homme de nuire à Wyatt. Elle ramène Chris dans le futur et lui retire tous ses pouvoirs. Elle jette également un sort aux 3 soeurs qui brise le pouvoir des Trois..
S06E11 - Faites l'amour pas la guerre
Après un accident, Paige se retrouve en 1967, où elle retrouve la grand-mère de Piper et Phoebe. Dans le présent, Piper et Phoebe contactent leur grand-mère afin de ramener Paige en 2004. Celle-ci est furieuse que les soeurs mettent en danger le pouvoir des 3 en se séparant. Mais l'heure est grave car Paige a modifié le passé. L'affaire se complique encore lorsqu'un démon débarque au manoir...
S06E12 - L'Homme idéal
Après avoir vaincu un démon qui s'en prenait à Wyatt, Piper décide de renoncer aux hommes et de se consacrer uniquement à sa vie de mère. Quand Phoebe et Paige l'apprennent, elle décident de créer un homme parfait à l'aide de la magie pour l'anniversaire de Piper. Les 3 soeurs, Léo et Chris doivent faire face à un nouveau problème : une secte qui va chercher à changer Wyatt en sorcier démoniaque...
S06E13 - Mata Hari
Jason, le petit ami de Phoebe, découvre que les 3 soeurs sont des sorcières. Il décide alors de ne plus la fréquenter durant un certain temps. Richard récite alors une formule magique pour que Jason revienne sur sa décision. Mais l'incantation change Phoebe en Mata Hari, prostituée et agent double de la 1ère guerre mondiale. Métamorphosée, Phoebe décide alors de se venger de Jason. Parallèlement, Paige et Piper tentent de vaincre des démons qui représentent des menaces pour Wyatt...
S06E14 - Le Cavalier sans tête
Alors que Piper tente d'inscrire Wyatt à la crèche, Gideon, directeur de l'Ecole des Sorciers, demande l'aide des trois soeurs afin de découvrir qui a jeté un sort sur son école. Un "Cavalier sans tête" tue un à un les professeurs... Léo apprend aux filles que Gideon est le fondateur qui lui a permis d'épouser Piper. De son côté, Phoebe découvre gâce à une de ses visions, la véritable identité de Chris...
S06E15 - Le Mauvais génie
Avec l'aide de Phoebe, Chris cherche à pousser Leo et Piper dans les bras l'un de l'autre. Il a 2 semaines pour faire en sorte que ses parents s'accouple, auquel cas il disparaitra. Leo , de son coté, veut le renvoyer dans le futur car il pense que sa mission est terminée. Richard s'efforce de prouver à Paige qu'il peut maîtriser ses pouvoirs et qu'elle ne doit l'en priver... Pendant ce temps, un génie, Jinny, est délivrée par Phoebe et Chris des mains de son maître. Elle explique à Phoebe qu'elle doit la libérer de sa lampe pour que son maître ne reconstruise pas la cité magique disparue. Quand ce dernier les attaque, Phoebe la libère et devient à son tour génie...
S06E16 - L'Enfant de minuit
Chris informe Phoebe et Paige qu'il ne reste plus que quelques heures à Piper et Leo pour le concevoir, auquel cas il disparaîtra. Mais ceux-ci se retrouvent bloqués dans la dimension des fantômes, alors qu'on les croit morts...
S06E17 - La Rebelle
Paige accompagne Phoebe à la réunion des anciens élèves de son lycée. Phoebe craint de se retrouver face à ses camarades. Les membres de sa bande sont là : Ramona, Todd, son ancien petit ami... Un seul manque : Rick, leur ancien chef qui est en prison. Lors de la soirée, Phoebe retrouve soudain son apparence d'adolescente et transforme ses amis. Ils agissent alors comme autrefois. Ils vont rendre visite à Todd en prison. Pendant ce temps, Piper, qui a découvert qui était réellement Chris, fait venir son père et lui demande pourquoi Chris l'évite...
S06E18 - La Femme-araignée
Piper est kidnappée par un démon araignée, une créature qui émerge tous les 100 ans pour se nourrir d'un pouvoir magique puissant. Pendant l'attaque, Chris est infecté par le poison du démon, ce qui a pour effet de le transformer en araignée. Paige demande de l'aide à ses amis de la forêt tandis que Phoebe et Léo essayent de sauver Piper et Chris...
S06E19 - Le Tribunal
Quand Phoebe et Paige sont filmées en train d'utiliser leurs pouvoirs, les Nettoyeurs, chargés d'empêcher que la magie ne soit exposée au monde, couvrent la situation en impliquant Darryl qui est condamné à la peine de mort. Les soeurs font appel à un conseil de démons et de Fondateurs et tentent de les convaincre de libérer Darryl. Mais le procureur, Barbas, détourne le procès et poursuit les soeurs en justice pour avoir abusé de leurs pouvoirs...
S06E20 - Double personnalité
Alors que Piper est à l'école des sorciers et que Phoebe a perdu ses pouvoirs, Paige recrée l'homme parfait que Phoebe et elle avaient fabriqué pour l'anniversaire de Piper. Malheureusement celui-ci devient maléfique et essaye de séduire Paige. Phoebe va alors tenter de l'empêcher de commettre l'irréparable. Et Chris finit en prison à cause de lui...
S06E21 - Jeu dangereux
Conscient que Piper, Phoebe et Paige vont découvrir ses plans concernant Wyatt, Gideon conspire avec deux démons pour inciter les filles à participer à un nouveau jeu de télévision démoniaque. Les soeurs Halliwell et Chris enquêtent alors sur la mort de plusieurs sorcières. Par ailleurs, Chris informe les trois soeurs que celui qui est à la recherche de Wyatt, l'obtiendra avant la naissance de Chris...
S06E22 - Pour l'amour d'un fils - 1ère partie
Gideon crée une ouverture sur un monde parallèle, et y envoie Leo et Chris. Ce monde est en fait exactement le même que celui des soeurs, mais en démoniaque. Phoebe et Paige vont donc partir pour sauver les deux hommes. Elles y rencontrent leurs jumelles maléfiques...
S06E23 - Pour l'amour d'un fils - 2ème partie
Piper étant en train d'accoucher, personne ne garde Wyatt. Paige et Phoebe doivent alors protéger leur neveu car Gideon veut le tuer. Mais leur monde est tout chamboulé car elles ont fait trop de bien dans le monde démoniaque...